益生菌不仅对腹泻有较好的作用，而且是抗生素无法替代的作用。如对腹泻最有效的益生菌是双歧杆菌。
人体肠道内需氧菌和厌氧菌同时存在，处于相互依赖、相互制约的微生态平衡状态。厌氧菌比需氧菌多得多。肠道中处于优势的厌氧菌，对维护机体健康具有极其重要的作用。
以双歧杆菌为主体的厌氧菌，紧贴在肠黏膜的表面，形成一道厚厚的菌膜，如同一道天然的生物屏障。双歧杆菌能产生乳酸、醋酸等有机酸，改变肠道的酸碱度，使肠道致病菌难以生存。双歧杆菌还能产生抗生素，消灭入侵的肠道致病菌，明显抵抗伤寒杆菌、痢疾杆菌、致病性大肠杆菌、空肠弯曲杆菌等肠道致病菌的生长繁殖，发挥以菌制菌的作用。
腹泻时出现肠道厌氧菌减少，肠道内微生态系统严重失衡。使用抗菌药物特别是滥用广谱抗生素后，杀灭肠道致病菌的同时，有益菌群也遭打击，特别是双歧杆菌大量被消灭，势必削弱对肠道致病菌的生物拮抗作用。
此时，对抗菌药物不敏感的肠道致病菌乘机大量繁殖，因此腹泻时间过久，经过抗菌消炎治疗不能奏效的患者，适当补充益生菌确实是行之有效的措施。
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