进行游戏（在万智牌语言中被称为对战）的双方必须有各自的一副牌的组合（称作套牌，它的组成受到一些规则的限制）。在对战开始的时候双方各有20点生命（一种计分方式）。由先手的玩家开始，两位或者多位玩家轮流进行自己的回合。
游戏的目标是，在自身存活时，设法将对方的“生命”降至0或以下，或迫使对手无牌可抓，或使对手获得10个中毒指示物，或利用特殊咒语使其输掉此盘游戏。
从第六版开始，万智牌使用堆叠的概念来进行游戏。这个机制和计算机编程中的同名概念类似，增加了游戏纵向互动性和趣味性。
在万智牌中，总共有五种颜色
他们分别是：白、蓝、黑、红、绿。另外，还有其它的一些牌属于“无色”。（“无色”不属于任一颜色。）
1、白色
正义的颜色：在万智牌的世界中，白色是法制、秩序以及组织的象征。白色的法术力蕴含在平原之中。白色主要的生物类别是士兵、僧侣和天使。白色魔法能够点醒进攻生物，使其改过自新；也可对己方的生物提供强有力的保护。
2、蓝色
智慧的颜色：由海岛提供的蓝色法术力流淌于诡计和狡诈之间，蓝色是计谋与操弄的颜色。蓝色法术师们通常在做出一系列令人瞠目结舌的动作之前，深思熟虑着。蓝色拥有能对付其它任何颜色的反制咒语，还有能够调整手牌的力量。蓝色的主要生物类别为法术师、虚影和龙兽。
3、黑色
野心的颜色：腐败的沼泽涌动着黑色的魔法。黑色，是死亡、疾病、自私及不计后果的力量的象征。黑色魔法在得到强大的威力的同时，往往得付出代价。黑色法术师们长于破坏对手的心智，以及将己方死去的生物起死回生。黑色主要的生物类别为灵俑（僵尸）、骷髅妖和吸血鬼。
4、红色
混沌的颜色：喷发的山脉中暗藏着红色的法术力。火焰、狂热、由巨石和岩浆组成的风暴基本就是红色咒语的主题。与蓝色的法术师截然不同的是，红色的法术师往往不会将事情考虑周全，而是做了再说。在万智牌游戏中，用到比试运气（如抛硬币）的卡牌往往是红色的。红色的主要生物类别有龙和精灵（鬼怪）。
5、绿色
自然的颜色：绿色法术力，表示着满溢在深邃树林间自然的脉动。绿色，是成长、生命及蛮力的颜色。绿色的生物往往蕴含着魔法的力量，在需要时能够加速事物的成长。绿色的法术在强化生物方面得心应手。绿色主要的生物类别有地精（妖精）、亚龙等。
通常来讲，神器和地并称作无色，而“无色”并非一种颜色。