金陵大学主体历史沿革： 汇文书院（1888） 私立金陵大学（1910） 公立金陵大学（1951） 南京大学 基督书院（1891） 宏育书院（1906） 益智书院（1894） 私立金陵女子大学
（1913） 私立金陵女子文理学院（1930） 中央大学 南京大学 金陵大学64年的历史，大致可分为五个时期：（图册图片资料来源 ） 金陵大学前身是1888年在南京成立的汇文书院（Nanking University 1888～1910），书院设博物馆（文理科）、医学馆（医科）和神道馆（神学科）。1890年设成美馆为中学部。汇文书院是金陵大学最早的源头，由美国教会美以美会创办，院址在南京干河沿（今金陵中学校址）。它是南京地区最早建立的一所新式学堂，办学20余年，为金陵大学的成立奠定了基础。汇文书院是南京地区之有新式学堂的嚆矢，也是国内早期创办的高等学校之一。（图册 ）
汇文书院稳步发展的时候，被传教士视为重镇的南京又增添了另外两所教会书院：基督书院和益智书院。1907年，两书院合并为宏育书院（Union Christian College），以基督书院为院址，由美在中任院长，文怀恩任副院长。
基督书院（Nanking Christian College）由美国教会基督会于1891年创办。创办人是美国基督会传教士美葛斯（F.Rank E.Meigs）。他是美国纽约人，父母务农，笃信基督教。他受美国基督教国外传教团的委派于1887年1月抵达南京，立志以身许中国，故自号曰“在中”。起初美在中住宿在基督医院医士马林家中。其时，虽然“南京皈依基督教者日众”，但他认为“信仰虽新，智识依旧，深怕无智识之信仰，易生魔障，非灌输智识，无以羽教旨”。于是他请求基督会捐款，在南京鼓楼西南建造基督书院。美在中被举为院长。开办时学生20人。数年后，达到200余人。
益智书院（The Presbyterian Academy）是美国教会长老会于1894年创办的，院址在南京户部街。创办人是长老会传教士贺子夏（美籍），后由文怀恩（J.E.Williams）继任。文怀恩和美在中同时来华，曾一起创办基督书院。 1910年至1927年为金陵大学建立与发展时期。1910年，美国教会合并汇文书院、宏育书院成立金陵大学堂（1915年随京师大学校改名为金陵大学校），美国人包文任校长，文怀恩任副校长，著名书法家、两江师范学堂监督李瑞清题写校名。 金陵大学始以汇文书院为校址，后迁入鼓楼西南坡的新校舍（今南京大学鼓楼校区校址北园）。在美国纽约州教育局立案，以美国大学教育制度为蓝本，逐步发展成为一所具有一定规模的综合性大学。 （图册图片资料来源 ）
一、三书院合并，金陵大学堂建立
20世纪初期，中国官办大学日益发展，除京师大学堂外，各省也纷纷创办大学堂。南京三江师范学堂就是在这时开办的。中国新式大学堂的发展，刺激了教会学校，教会开始 “担心政府在教育方面的竞争”，“除非集中力量，否则官办学校就会超过他们。教会学校如果再不增加完备的实验室和图书馆，不聘请更多更好的教师的话，那么优秀学生将被政府学校吸引去”。于是许多著名传教士竭力主张联合书院，扩大规模，建成名符其实的大学，“以期成为国立大学的榜样”。
在联合的过程中，由于教会内部意见不一，曾出现各种争论，因此联合大都几经周折，但最后都获得了成功。当时联合建成的大学，除金陵大学而外，有北京汇文大学（燕京大学前身），上海圣约翰大学、沪江大学，杭州之江大学，山东基督教共和大学（齐鲁大学前身），成都华西协合大学等。这些大学后来都发展成为著名教会大学。
金陵大学是汇文书院和其他两个书院：基督书院和益智书院合并建立的。该三书院在南京城内鼎足而三。 三书院都是男生学校，办学宗旨相同，办法亦大同小异。
美在中首先倡议合并书院。他认为“孤往，则精力分散而收效浅；共作，则菁华聚而成功多。且祖国教会聚金委办教育事业，当化畛域而屈群策，以最少经费谋最大功效，不然则获罪于天矣！”1906年将益智书院之高年级并入基督书院。1907年，又有汇文书院与宏育书院合并之议，因汇文书院院长师图尔持有异议未能成功。
汇文书院新任院长包文是一位热心教育事业的传教士。他是美国伊利诺州之离盘塞人，毕业于美国讷克司大学文学系。于1897年（光绪二十三年）来华。他“勇于任事，尤具远见卓识”。他以为，“中国之困亟矣，非以教育新民智不足以自振救，而教育之宗旨宜纯正，规模宜远大，组织设备宜健全完美，然后始可以言得人才为社会用，今南京一隅设三校，其政不相谋，课程多重复，且为经费限，不得备其设施，势必至于因循苟且，徒劳而无功，吾不知其有何益于中国，其亦大背吾人办学之旨矣！”包文与美在中皆主张合并书院，建立完备大学。但合并办法，“彼此初甚龃龉”。经过反复协商，始决以宏育并入汇文，定名为金陵大学堂(The University of Nanking)。推举包文任学堂监督（校长），文怀恩副之，美在中任大学圣经部主任兼附中校长。大学部设于干河沿汇文书院院址，附中设于宏育书院院址，小学设于益智书院院址。
二、金陵大学开办概况
合并三书院建立金陵大学，旨在建成一所完备高等学府。合并后，美以美会、基督会、北长老会在美国纽约联合组成托事部。该部是学校最高权力机构，掌管大部份行政权力，学校的重要决定均需得到托事部的批准，包括校长、副校长的任命，学校经费的保管与监督。同时也承担筹募经费的责任。托事部的首任会长是美国著名学者及宗教领袖史密尔博士。与此同时，在南京成立董事会（相当于托事部的驻宁办事机构）。由大学校长、有关行政管理人员及联合公会的代表组成。董事会的主要职责：监察审议学校所有进行事宜，包括任命大学行政管理人员，起草学校年度预算报托事部批准，任免中国教职员，批准学校开设的课程等等。起初，董事会所有董事（包括校长、副校长以及行政管理人员）都是外国人，并且都是基督徒。后修改董事会章程，增加了同学会（校友会）的代表，于是便有了中国董事。如任驻德公使的黄荣良、任绥远省实业厅长的韩安、任国立东南大学教授的陶行知均以校友身份担任金大董事会的董事。
金大的行政管理人员除校长、副校长外，还有司库（会计）、校长秘书、房屋和场地总管、学监等，他们分别负责学校各方面的行政事务，学校的教学行政单位为科。金大初创时，仅设文科，数理化等科附设文科，均授文学士学位。包文兼任文科科长。
学校的经费，1910年经各联合教会协议，由每个差会交付相当于4万美元的土地、房屋、设备、现金，提供3名教师，每年出捐助费0.24万美金。后来，在此基础上有所增加，到1922年时，提供教师数增加为5名，年捐款数增加为0.4万美金。
金陵大学在完成其行政管理组织以后，作为一所完备大学，尚需得到政府认可。但当时教会学校在行政上与中国政府毫无关系。清政府一向认为外国教会在中国设立的学校，是以外国人的资格和条约上的权利为依据而设立的，非国内教育事业，因此采取不干预的态度，不考虑学校办理立案之类的手续，当时也无立案的明文规定。这样教会学校便不认为对中国负有什么责任。因此，金陵大学成立后，立即向美国纽约州教育局申请立案。1911年4月，金陵大学便接到美国纽约州教育局局长和纽约大学校长签署的特别许可证，正式同意金陵大学在美国纽约教育局立案，并承认金陵大学为一完全大学，得以享受“泰西凡大学应享之权利”，金陵大学毕业生可同时接受纽约大学的学位文凭，并和美国康乃尔大学结为姊妹大学。自此，金陵大学的毕业文凭就改由纽约大学校董会签发，然后转致金陵大学堂监发毕业生。毕业生持此文凭便可不经考试直接升入国外有关大学研究院深造，并获得学位。关于中国教会大学在美国立案，上海圣约翰大学校长卜舫济在1900年中华教育会第六届会议上曾坦白地承认：“立案后的中国大学便变成为中国土地上的美国附属学校。”这可以说是一种特殊的治外治权原则的扩充。
与金陵大学同在美国纽约州立案的教会大学有：华西协合大学、华南女子大学以及在1913年成立的金陵女子大学等。
金陵大学初创，无论课堂宿舍、图书设备以及师资力量均简陋缺乏，不敷使用。而大学开办后，学生人数岁有增加，校务呈蒸蒸日上之势。因此，无论校舍之扩大，师资之补充，设备之改善均十分紧迫。包文校长制定了宏大的建校规划。规划的第一步便是购置土地，重建校舍。虽然“经济窘困，人为之忧”，可他毫不犹豫顾忌，胸有成竹。他派员携其手订之计划，回美国赴托事部以募捐及增添教师为请。他与文怀恩副校长也多次亲自回美筹划经费，请求捐款。当时美国正处在第一次世界大战前夕的景气时期，募捐比较容易，慷慨解囊之富商不少。历数年之苦心经营，终于获得巨额资金，使金大重建校舍的计划得以实施。这是包、文两校长为金大日后的发展所建立的首功。
1910年，金大在鼓楼之西南坡购得大片土地作为新校址，这地方名曰“西山”，随即又从从美国请来测绘师和建筑师规划、设计校舍建筑。全部工程由美国芝加哥一家公司承包，建筑材料除屋顶的琉璃瓦及基本土木外，也大都从国外进口。新校舍从1911年开始设计，1915年科学馆落成，至1921年便全部竣工。校舍基地面积达2300余亩，地势由北向南倾斜。建成的校舍，规模宏大，计有行政楼、科学馆、医科诊室、礼堂、课堂宿舍等共有大楼11座。1924年得美国洛氏基金社中国医学委员会与美国仕女的赞助，又建农林馆一座，名“裴以理楼”。这些楼房中西合璧，宏伟壮丽，与鼓楼平峙，为当时南京最高大的建筑。
金陵大学自1916年起，便陆续迁入新校舍。干河沿旧址改设附属中学。1911年，金陵大学又以4万美元购置了与金大校园相毗联的旧宅一座。该宅名陶园（或桃园），是清朝一位俞姓贵族的住宅，三层楼房，屋宇精美，地址宽阔，风景优美，适合儿童课余游息。同年秋，便将设在城南户部街的小学移设于此。后来在三层楼下，“深凿其底，建筑底层”，建成地下室，作为学生的习艺场所。
学校初办，教师数量少，且“其学术水平高下不齐，难以传授高深学问”。包文向美托事部请求增聘教师。学校组织了聘任委员会，审查教师资格。于是，文理农医等各方面专家学者来校者日众，学校气象逐渐更新。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ） 1927年至1937年为金陵大学改革时期。在全国收回教育权运动的冲击下，金陵大学率先改组，成立由中国人占多数的校董会，由中国人担任校长，向政府办理立案，校务及宗教方面也随之进行重大改革，学校事业发展进入了全盛时期。
一、非基督教运动和收回教育权运动
受“五四”运动的影响，从1922年到1926年，在中国爆发了一场基督教运动及由此而引发的收回教育权运动，使在华基督教势力受到严重挑战，迫使教会学校在大发展以后进入了改革时期。
在这一时期中，金大的基督徒胆颤心惊，祈祷会等宗教活动不得不偷偷在凌晨或黑夜进行，参加礼拜的人数也愈来愈少。1927年3月北伐军攻占南京时，金大有五幢住宅被烧毁，文怀恩副校长在住宅遭劫时，被流弹打中殒命。西籍教职员仓惶逃离回国，学生也离校返家，学校停课。1927年4月14日金大理事会召开第23次会议，包文以“老病告退”，正式选举过探先、陈裕光、刘国钧、陈中凡、陈嵘、李德毅、李汉生等七位教授组成校务委员会，过探先为该委员会主席。负责管理金大。该委员会在时局变动时，在维持学校工作中发挥了不少作用。
二、改组与立案经过
1927年7月，国民政府正式宣告成立，收回教育权。1927年11月10日，金大理事会在上海开会，文理科科长陈裕光博士当选为金大校长。1928年3月，美国托事部打来贺电，表示认可。于是陈裕光就任金大第一任中国校长。他也是国内任教会大学校长的第一位中国人。
陈裕光上任后，十分注重中国教育主权，不仅在行政管体制上进行卓有成效的改革，而且在教学上推行“三一制”，即教学、科研和推广三合一制度。
1934年，金大被美国纽约州立大学承认了与其他国际间之大学同等学术地位，并能颁发获国际认可之学士和硕士学位。 1937年至1949年，因抗战爆发，金陵大学举校西迁，在四川成都华西坝艰苦办学。12月，金陵大学南京校园被“南京安全区国际委员会”列为难民区收容所，涌进了大批的难民。1941年，汪伪国民政府在金陵大学原址兴办（汪伪）中央大学。1945年返宁，金陵大学驻宁人员接收汪伪中央大学。同年9月，学校在南京复课， 学校规模有所发展。复员后，学校基本上处于稳定阶段。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ）
与此同时，留守南京的副校长、历史系教授贝德士等教职员与在宁的外籍教授、专家医生、职员等组织了“南京国际安全区”，尽力收容、保护中国难民和放下武器的士兵。金陵大学校园当时成为南京市民避难所。现珍藏在美国耶鲁神学院的“贝德士文献”，就是真实记录当年日军罪行的原始档案。当年德国西门子公司驻华总代表拉贝也以日记的形式记录了侵华日军的桩桩暴行。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ） 1949年至1952年为金陵大学的转折时期。新中国成立，金陵大学获得新生。1951年9月，断绝与美国教会的联系后，李方训任校长，私立金陵大学与私立金陵女子文理学院（原金陵女子大学）合并为公立金陵大学。 （图册图片来源：南京大学校史博物馆 ）
1952年，全国高等学校院系调整，金陵大学等西方教会大学撤销建制，金陵大学文学院、理学院并入新南京大学（南京大学保留文、理学院，其余部分院系分出），成为南京大学的一个组成部分。从此金陵大学校名取消，南京大学迁至金陵大学鼓楼校址（南京大学校长潘菽为了照顾新成立的南京工学院，将南大原有的四牌楼校区移交给南京工学院使用 ）。 根据《南京、金陵两大学合并、调整工作进行办法》，金陵大学和中央大学及其前身学校的历史档案明确划归（新）南京大学。
金陵大学教育系、农学院、农学院林学系、理学院电机系、化工系、水利系等系科分出，和南京大学等有关大学相关院系组建了南京师范学院（南京师范大学）、南京农学院（南京农业大学）、南京林学院（南京林业大学）、南京工学院（电机系在今东南大学，化工系在今南京工业大学）、华东水利学院（河海大学）等校。电影与广播专修科迁至北京组建电影学校（今北京电影学院）。另有部分院系（经济系，银行系，管理系，文理科系）调至上海复旦大学等高校。
1952年院系调整金陵大学具体情况：
1、金陵大学文学院全部及理学院主体——并入南京大学
2、金陵大学教育系——并入南京师范学院（今南京师范大学）
3、金陵大学农学院主体——并入南京农学院（今南京农业大学）
4、金陵大学农学院林学系——并入南京林学院（今南京林业大学）
5、金陵大学理学院电机系——并入南京工学院（今东南大学）
6、金陵大学理学院化工系——先并入南京工学院化工系，后参与组建南京化工学院（今南京工业大学）
7、金陵大学附属金陵中学——南京市第十中学——南京大学实验中学（今金陵中学）
8、金陵大学附属鼓楼医院——南京市人民鼓楼医院——南京市鼓楼医院（1987年成为南京大学医学院附属医院）
9、金陵大学电影与广播专修科——北京电影学院
