保护地栽培黄瓜，常因栽培条件不良或管理不当导致一系列生理障碍出现，严重影响黄瓜的产量和品质。常见生理障碍主要有以下几种：
（1）秧苗徒长 幼苗徒长是保护地黄瓜苗期常见现象。徒长黄瓜苗根系不发达，侧根少，茎细弱，节间长，叶薄色淡，组织柔嫩。徒长苗抗逆性差，易发生寒害、病害，定植后缓苗慢，生长势差，难以获得早熟高产。
幼苗徒长的原因主要有：温度过高，尤其是夜温过高，光照弱或密度大，偏施氮肥，浇水过多，湿度过大。这些不利因素越多，越易造成幼苗徒长。所以生产中应根据幼苗徒长的原因，采取相应措施避免和控制幼苗徒长。
（2）秧苗僵化 僵化苗也叫“小老苗”，是幼苗生长发育受到过分抑制，不能正常生长造成的。僵化苗矮小，茎细，根少，叶小，定植后茎节不伸展，常出现花打顶现象。
出现僵化苗的原因是肥水不足，温度偏低等造成。所以保护地栽培黄瓜应保证适宜的温度和充足的水分，出现花打顶后摘去顶部花蕾。
（3）闪苗 保护地育苗处在较高的温湿度环境中，若放风不当，幼苗突遇冷风，易使幼苗柔嫩组织突然失水出现萎蔫现象，若受害程度重或萎蔫时间长，叶片则不能恢复，变成绿色干枯。这种现象叫“闪苗”。
所以保护地生产进行通风时，应注意通风量应从小到大，再由大到小。通风时不要通扫地风，以免使冷风直接吹到苗畦或植株上。应从棚顶或棚中部进行通风。
（4）畸形瓜和苦味瓜 畸形瓜主要有尖嘴瓜、大肚瓜、蜂腰瓜、弯曲瓜等。
尖嘴瓜瓜把粗大，前端细尖。出现尖嘴瓜的主要原因是高温、缺水、授粉不良。
大肚瓜主要是授粉不良，浇水偏多所致。
蜂腰瓜主要是花芽分化不良引起。高温、干旱、缺钾也易造成蜂腰瓜。
弯曲瓜有的是在生长初期发生弯曲，有的是在生长中后期发生。发生弯曲瓜的主要原因有水分、养分不足，环境变化剧烈，植株老化，发生病害，支架吊蔓过晚等。
造成黄瓜味苦，形成苦味瓜主要有两方面的因素，一是内因，即品种关系；二是环境不良，即低温、干旱，偏施氮肥、磷钾肥不足造成。栽培中应注意选择适宜品种，进行合理施肥，促进根系发达，保证温度适宜，肥水充足。