日本是一个四季分明的国家，食用菌的生产量大约是40万吨。根据林野市厅2003年的数据表明，产量最高的是杏鲍菇110244吨，其次是香菇98248吨，其中干香菇32864吨、鲜香菇65384吨，真姬菇是84394吨，平菇是45823吨。
日本食用菌生产与中国不同的是，香菇栽培中椴木栽培较多，和中国的代料栽培为主的栽培方式不同。其干香菇全部采用椴木栽培，鲜香菇采用代料栽培法的大约有60%。
近几年，日本市场上出现了许多新的食用菌，如杏鲍菇2001年开始至2002年间的产量大约增长了2倍。其他的如灰树花、猴头菇、金顶蘑、荷叶蘑、白灵菇、绣球菌、鸡腿菇等也在市场上出现。野生的食用菌虽然已经在有些地方可以吃到，但数量还是很少，多是来自中国的野生食用菌。