从司法岛开始273集（一切为了保护同伴！二档发动！）开始，往下的每个篇章都有发动二挡和三挡。
1、司法岛篇（273集~311集）
面对罗宾的离开真相，路飞当机立断下令追回罗宾。路飞一伙来到政府要地“司法岛”，不惜向世界政府宣战，要求罗宾说“我要活下去”。在战斗中，为了保护伙伴，路飞的潜力被激发，开发出了“二档”和“三档”，战胜了布鲁诺，在苦斗的情形下战胜了罗布·路奇。
2、恐怖三桅帆船篇（377集~381集）
路飞一伙人和呆在“幽灵船”的布鲁克相遇，路飞立刻邀请布鲁克成为伙伴，两人非常合得来，路飞还同意帮他夺回影子 。在幽灵岛，路飞的影子被月光·莫利亚夺走并放入魔人奥兹体内，之后路飞与岛上被夺走影子的人群相遇，大家将众多影子装在路飞体内创造了梦魇路飞。梦魇路飞将奥兹重创后，路飞变回普通形态与草帽海贼团的大伙一同打败了奥兹和莫利亚。
3、香波地群岛篇（391集~407集）
路飞一伙人为了给船只镀膜前往鱼人岛而来到了香波地群岛，和凯米，帕帕古，夏琪相识并成为朋友。之后，路飞因为朋友小八被天龙人攻击，而愤怒地重伤天龙人，引发天龙人事件 。随后西尔巴兹·雷利出现，赞扬路飞很适合那顶草帽。路飞等三大船长出去对阵海军，带领各自的海贼团逃跑。
主犯路飞一伙人受到黄猿、战桃丸及和平主义者的围攻，路飞立刻认识到事态对自己这一方不利，于是立即下令让大家分散逃跑，并约定三天后回到万里阳光号上。不料路飞一伙被巴索罗米·熊分别弹飞，路飞为自己保护不了伙伴而流泪
4、女儿岛篇（408集~417集）觉醒霸王色霸气
路飞被弹飞到掉落到女儿岛，在乱吃东西后身上长满蘑菇，意识不清，被玛格雷特所救。在无意看到波雅·汉库克的秘密后，汉库克决意要杀死路飞，于是路飞和波雅·桑达索尼亚，波雅·玛丽哥鲁德展开战斗，在无意间展示了“霸王色霸气”，并最终取胜。在波雅三姐妹的秘密要被暴露之时路飞上前替她们守住了这个秘密，三姐妹为之动容。
5、海底监狱篇（422集~460集）
路飞藏在海军军舰到达大监狱，在汉库克的能力协助下顺利潜入监狱内部并通过身体检查。独自寻找艾斯的路飞在LEVEL1遇上准备越狱的巴基，路飞把藏有藏宝图的手环给了巴基，来到了LEVEL2遇上Mr.3，巴基解放了该楼层的许多犯人。他们接着来到LEVEL3遇上了Mr.2。
在四人被迫共同作战，用计击败LEVEL4的狱卒兽后，路飞独自对上麦哲伦，最后但由于实力差距过大而败北，身受多种毒素折磨，被扔进LEVEL5 。路飞被Mr.2救出，在逃出LEVEL5的途中路飞挣扎起来发出霸王色霸气震昏雪狼 。两人被革命军依玛祖娜救起，来到LEVEL5.5，最后两人被人妖王安布里奥·伊万科夫救了过来。
6、顶上战争篇（461集~521集）
路飞和其他逃狱者从天而降进入本部 。先是阻止了企图袭击白胡子的克洛克达尔 。后受到了白胡子队长们的掩护，汉库克偷偷将艾斯手铐的钥匙交给路飞，乔拉可尔·米霍克挡在了路飞的面前并动真格。后路飞得到巴基和比斯塔的掩护 。路飞跳上行刑台被三大将拦下并败北 。
倒下的路飞再次央求人妖王为他注入治愈荷尔蒙，后在众人的掩护下再次冲往处刑台，并在艾斯即将被处刑时展现了霸王色霸气。看到路飞施展霸王色霸气，白胡子命令部下全力掩护路飞，大家为路飞争取了一条走向处刑台的道路。
最后，普通状态下路飞一拳击退使用剃的克比和最终于心不忍出手的爷爷卡普，挡住了战国元帅的攻击，在Mr.3的协助下解救艾斯成功，二人随即共同战斗。