九皇爷来源有两派说法，道教九皇派和汉族民间九皇派。道教九皇派源于星宿崇拜。“九皇”是原本是汉族人民星宿崇拜的产物，和夜间指示方位赖以制定历法的北斗七星有关。古人的智慧认定北斗有九星，七显二隐，与天文考证是共通的。散布于北方天幕的七颗星－天枢、天璇、天玑、天权、玉衡、开阳、瑶光，被道家合称为天罡，在西方则被称为大熊星座。
“南斗注生，北斗注死”，道教广泛传播的说法，使北斗成为主掌人寿夭的“神明”。拜斗母就是北斗星君人格化的进程。
传说北斗九星为斗母之子。斗母，又名紫光夫人，原为龙汉时国王周御的妃。夫人于莲池脱服澡浴，忽有感应，莲花九朵化生九子，长子为天皇大帝，次子为紫微大帝，其余为贪狼、巨门、禄存、文曲、廉贞、武曲、破军七星。拜斗母九皇就是古人对北斗众星的信仰将北斗星君人格化的进程。
汉族民间九皇派起源于流传在东南亚的各种历史传说，九皇大帝只有一位，却是以香炉代替塑像。 九皇爷的传说有几个不同的版本。
<传说一、上古九大皇帝>
九皇大帝是中国上古传说中的九位人物－伏羲、神农、黄帝、少昊、颛顼、帝诰、尧、舜、禹。
<传说二、九皇爷为秦代革命烈士>
陈胜吴广起义前，九个结义英雄策划起义反秦，事机败露，为秦兵杀害，取去首级，弃其尸身，民怜其义，私下以九个陶瓮，盛其遗体，置于河中，任其漂流出海。几年后，汉朝兴起，九瓮残骸，竟漂回原地。烈士无名无姓，事情甚为灵异，当地人民收拾残骸妥为埋葬，为烈士立庙祭祀。后九人显圣护民，地方官从民意，申奏朝廷敕封“王爷”冥衔，遂演变为“九皇爷”。
<传说三、洪门五祖与白锭香炉>
洪门传说中的少林前五祖因反清复明活动被清兵追杀，投奔郑成功后，被派到闽、粤、桂一带推进革命。到了蒲田，被九连山少林寺收留习武，后事情败露，少林寺被清兵焚毁。他们逃出后，在广东惠州石城县高溪庙住下来。一日近处河中浮起一物，捞起，乃是一只白锭香炉。炉底刻有“看不懂的”四个字，并写明“五十二斤、十三两”。洪门祖宗之一的陈近南知道炉底的四个字就是“汉留文字”的暗号，意思就是“反清复明”。“五十二斤、十三两”的意思就是“五湖，南京二京，十三省。。。。。”这则故事的重要道具“香炉”与九皇爷信仰中只拜香炉的习俗吻合。
<传说四、洪门天地会领袖人物万云龙>
在吉隆坡安邦流传很广的传说，九皇庆典是祭典洪门天地会首领万云龙。1734年，万云龙在清雍正甲寅年九月初九，与清兵交战而战死在湖南长沙，余下部属逃至海南岛，败兵被追杀而由水路逃往暹罗，后被迫在槟城定居。
洪门会其中一部分残兵后来至安邦定居，表面上以种植为业，暗地里却秘密结社，罗致爱国志士，共襄反清复明义举。
有一次的开香堂（又称开香会，即新人入会仪式)，警方突袭现场并严加盘问聚会理由。首领说在这里拜神祈求平安。警方见虽有拜神迹象但无神座神像，追问其故。众人一时语塞，忽然其中一首领急中生智指着身前的一只香炉说：这就是我们拜的神。看着香炉冒出缕缕香烟，警方怀疑地问：香炉是神？他是什么神？一人随口回答：他叫九皇大帝。无人知道九皇大帝的典故，警方信以为真，就此作罢。自此，吉隆坡华人供奉九皇爷，就以香炉为神位了。
<传说五、明太祖第九代孙鲁王>
这是最有史实根据的传说。明太祖第九子鲁荒王檀的九世代也是九王，俗称九王爷，又称鲁王。一批明臣拥鲁王为帝于绍兴，后被清兵追杀，鲁王投奔郑成功，居住于金门。传说郑成功不礼待鲁王，将他沉海致死，其部下愤恨郑成功，于是浮海南来，立庙祀奉。因九王爷沉海没有尸首，所以只立神位不塑立偶像。传说九月初九是王爷诞辰，那天早晨有香炉浮海而来，是为神降，即迎接鲁王由水中上岸。
事实于1959年揭开，金门岛发现一座古墓，墓中石碑记载鲁王死因是哮喘，并非郑成功迫害，此公案始真相大白。
<传说六、王爷郑成功>
清朝反清江湖烈士高举反清复明旗帜，郑成功更秘密在福建省樟泉一带积极召集各路江湖好汉于沿海“斗母宫”内商议复明大计，共襄义举。他们利用宫内诸神千秋宝诞为掩饰，一连九天在宫内招兵买马，高举“九皇大帝”旗帜为号召，“意即要救明朝江山大地”，在斗母娘娘圣像左右两手书日月（即明)。
农历八月的最后一个晚上，出海迎接王爷郑成功来主持大局，郑成功乃受朝廷通缉，因此，从落船到晋宫内，需以凉伞遮住，以免身份曝光。农历九月初九午夜，奉送郑成功出海以到别处号召义举，准备一艘“王船”及供上一切日常用品、粮食等。起义终归失败，伤亡惨重。
樟泉一带乡民为纪念王爷郑成功及众烈士史迹，每年农历八月的最后一天至九月初九一连九天，祀拜王爷祀与众多牺牲的民族英雄。
传统风俗习惯，九皇爷香火随之来到南洋，相传至今应有三百多年的历史。
在这斗母宫的九皇信仰仪式中的几个主要步骤都已得到了体现，如“迎神”“请水”“送神归海”“王船”等等。
传说与仪式究竟哪个更早，是为了配合仪式而杜撰了传说，还是因为有传说才刑成了仪式，难以分辨。仪式与传说的相互配合，为信仰的流传找到了某种根据，也为信仰活动抹上浓厚的神秘色彩。 解说：
九皇信仰原是北斗信仰，是中国人传统中最古老的星辰崇拜。
九皇大帝是指与玉帝同一品位的先天大神“勾陈天皇大帝”、“北极紫微大帝”以及北斗七星的贪狼、巨门、禄存、文曲、廉贞、武曲、破军。
由于中国人观北斗的历史可远溯到公元前30世纪至40世纪，因此中国人观察中的古北斗星座有九星；后来遂产生北斗星座七明二暗，除七星外另有辅星与弼星二颗暗星的说法。反后来道教则解说，这二颗暗星其实是勾陈与紫微二星的分气。
每年农历九月，在马来西亚各地流行的九皇大帝庙会及吃素风气，其实源自中国汉代以来道教教徒举行礼斗集会的习俗。九皇诞包括了集体礼斗、拜斗的活动，这是北斗崇祀习俗的南移。
北斗信仰是中国最重要的自然星辰崇拜。又由于北斗在中国的天际，是一座每天转动一圈的星座，人们也根据北斗一圈的转动，分出它一天有12个转动阶段，创造了观北斗认识12个时辰的时间测量法。
人们还发现到，北斗斗柄会根据1年中很多不同阶段的时日，指向天际不同的方向；每当黄昏群星出现时，北斗的斗柄所指的方向，都会落在一定的方位，而天上的群星，却也根据斗柄在不同季节所指方向不同，出现移形变位。
所以，人们又根据北斗斗柄的方向转动，发现斗柄有24种方向可指，于是人们便有了“24山”的中式罗盘。
而每一次斗柄在一段时间内指向一方，地上就会出现一次气候变化，影响农耕；于是古人便得出一种看法，以为斗柄所指的方向指令24节气气候变化，造成春、夏、秋、冬之别。
所以，古人有一句成语“斗转星移”，用以形容时间的流逝与世事变化。
古人在夜间，是以北斗指示方向。北斗的斗子上最外2颗星，联成直线，延长到四倍之处有1颗星，无论北斗如何绕它转动，它都兀然不动。这颗星就是永远在正北方的北极星。
所以，不论时辰和季节可以用北斗找方向；不知时辰和季节，也可以看北斗推知时辰和季节。人们可以根据北斗找北极星的方位，只要发现北方就能认清八方；人们又根据季节的认识，按北斗的斗柄指方去测知地面的正确方位。
在以农立国又地广人稀的中国大陆，观察北斗在天上的变化，可以“指示”了人们认识气候变化与交通方向，成为农业及交通最高及最标准指标。
每当北斗一变化，天上的星象、地上的阴阳及气候和人间的情况也会改变。所以，人们便以为北斗管理星辰气候，也影响人的福寿命，并由此变化各种以北斗九星名义演变的风水命理学。人们逐相信崇拜北斗，可以作为消灾解难、增福添寿的方法。
根据道教的北斗经典，每年九月初一到初九是北斗九皇诞，连续9日，不断的礼拜北斗诸星，可以令人间消灾延寿、福禄兼至。 1）据道教的《北斗本生经》所说明的九皇大帝来历，是个神明的化身故事。
经内说，龙汉时代的国王有1位皇妃紫光夫人，在过去世曾经发愿要生下圣子“辅估乾坤”。有一天，这一位王妃在金莲花池沐浴，受到感应，生下了莲花九苞，化为九子，便是九皇。
2）根据《本命延生经》的教义，元始天尊之阴气化生斗姆。斗姆的梵气又化生了九皇。因此，九皇实为先天之大神。
凡是侍奉九皇，必尊九皇之母，凡侍奉九皇之斗母的地点都称为“斗母殿”或“斗母宫”，但是，却不常以“九皇大帝”为正式庙称。
3）汉族民间对九皇大帝的来历，则另有拟人化的传说，以为他们是抗暴或保皇失败而被杀的义士，或说是被官府斩杀的海上势力领袖。
南洋各地，其中有些九皇神庙，迎神的仪式是在海边迎海水回祭坛，又有的人庆典期间又手缠白带或手披麻带，仿如带孝。
有关传说之流行，可能与早期会党有关。早年的会党曾借九皇诞掩护，进行结社和举行仪式；九皇醮仪包括了超渡忠魂仪式，会党可能亦乘此机会纪念原为海上反暴义师的先烈，遂造成传说的出现。
