1.农学专业
农学部的农业会计研究设施在农业会计学和农家经济分析学方面为日本唯一的研究与教育普及部门;植物生殖设施在植物的起源、分化、传播、远缘杂交、遗传资源的收集保存等方面显示出该资源的优势，被国际遗传资源理事会认定为“基本银行”而成了国际活动中心。
2.海洋研究专业
1967年东京大学海洋研究所建在一艘大型海洋勘察船，开展海洋勘察和海洋综合研究，后又建造一艘更加先进的船，同美国财团合作，进行深海钻探，重大海洋地壳构成、海底生态、海底资源开发等领域。文部省拨款组织东京大学等校人员数次参加南极的综合科学考察。
3.宇航研究专业
以东京大学宇宙线研究所为首的此项研究有较大的开展，日本政府每年拨款百余亿日元设备制造费和试验费，至今已发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测，探测行星和地球磁场，开展天文物理、无人宇宙实验室的试验。
4.癌研究专业
早在1983年日本政府提出“癌研究十年计划”，由东京大学、东北、大阪等大学参加，并与美国有关研究机构合作，集中对致癌原因、诊断方法、治疗途径三方面进行研究。研究还涉及生物化学、遗传学、核物理学等学科，东京大学的医学科学研究是该项研究中的中坚力量。