自2013年1月1日起，事业单位在会计核算和财务报表编制方面，必须严格遵循新的制度要求。这一变化强调了财务管理的规范化和标准化操作。
为了顺利过渡到新制度，事业单位需要进行一系列的准备工作。首先，从原账中整理出2012年12月31日的科目余额表，作为调整的起点。接着，设立全新的2013年1月1日账目，这是新制度实施的基础。
接下来的关键步骤是调整科目余额，包括根据新旧制度的差异进行结转调整和基建并账调整。调整后的科目余额将作为新账各会计科目的期初余额，这些科目包括原制度规定的会计科目以及财政部补充规定的增设科目，具体对照可在本规定附表中找到。
调整完毕后，事业单位需要依据新账的期初余额，依据新制度编制2013年1月1日的资产负债表，以反映财务状况的准确起点。
最后，事业单位需要确保会计信息系统的同步更新。这就意味着对原有会计核算软件和信息系统的及时调整和调试，以实现数据的顺利转换，确保旧账与新账的无缝对接。
2013年1月10日，财政部以财会〔2013〕2号 印发《新旧事业单位会计制度有关衔接问题的处理规定》。该《规定》分新旧制度衔接总要求、将原账科目余额转入新账、按照新制度将基建账相关数据并入新账、财务报表新旧衔接、其他衔接事项5部分。