患者感染
乙肝病毒时通常年纪不大，此时免疫系统发育不完全，机体免疫系统对病毒不发生免疫应答而形成了“免疫耐受”，这个时期叫做免疫耐受期。此后免疫系统逐渐成熟，开始出现针对病毒的免疫反应，疾病就进入了免疫清除期（即免疫应答期），但90%的患者，在免清除期的时候，免疫系统无法控制、清除乙肝病毒，反而由于免疫反应大批肝细胞受损、死亡，如果这种悲剧反复上演，就会导致慢性肝炎、
肝硬化甚至
肝癌。
大约乙肝病人总数的10%的患者，在不用药的情况下通过自身免疫反应获得“免疫控制”的大好局面，免疫系统虽然不能把病毒消灭干净，却可以将其压制在可控的范围内。这个阶段称为“免疫控制期或非活动期”，表现为患者的
转氨酶正常，肝脏没有明显的炎症。
此后如果病毒出现变异，机体免疫又开始进行攻击病毒，则病人还会进入“再活动期”，肝炎死灰复燃。