剧情简介：小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认，这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。
134集 魔术爱好者杀人事件(解决篇) 工藤发烧
剧情简介：柯南找来订书机、剪刀和绳子后，就突然不见了踪影，就在大家忙着找他时，一声尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗户的房间，继而，柯南又不顾大家阻挠跑到树林里，趁园子不注意的时候将她麻醉，借她之口指挥小兰把凶手的杀人方法再现，将一切解释清楚之后，就是揭穿凶手了，他就是…
332集 疑惑的辣味咖喱(下集) 变回工藤后感冒，又被小兰撞进了河中导致骨折。
剧情简介：警察虽然推断岩夫是自杀，但柯南却发现了众多的疑点。而从尸体嘴里流血的事实，灯绳上可疑的绳结和小兰的叙述中柯南最终推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露凶手的关键时刻却因为感冒不能发声了！没有其他办法，柯南通过不断的比划的猜谜来引导众人来寻找凶手的线索，最终犯人的身份揭晓。而凶手也承认因为妻子的遇害而杀死被害者的事实。
558集 推理对决!新一VS冲矢昴 工藤发烧变回柯南
剧情简介：根据纸飞机上的图案，柯南和冲矢几乎在同一时间明白这是急救用的摩斯密码，而投纸飞机的人想传达的则是紧急求救的信息，之后，小兰将其他两只纸飞机发到新一的手机上，将这三个带有暗号的纸飞机串联在一起，新一推断出被绑架的人就是电视上成日报道的代田社长以及他所在的地点，得知这些以后，小兰不顾自己的安危冲进了绑匪的据点。
572集 新一的真实身份和小兰的眼泪(上集) 工藤发烧变回柯南
剧情简介：小兰从昏迷中醒来时发现自己在一个小木屋里，并且身上的伤也被人包扎好了，这时，小五郎他们也找到了这里，服部在隔壁的房间发现了很多新线索，他把案件从新理顺后，将所有人都叫到了村长家，并指认这个用刀刺伤河内深里的人就是他身旁的工藤新一，没想到被揭穿后，新一竟然嚎啕大哭并主动承认自己的罪行，就在这时，死罗神出现。
48,49外交官杀人事件，柯南感冒，顺便还变回新一一次
132,133,134魔术爱好者杀人事件，柯南发烧
331,332疑惑的咖喱饭，感冒，又被小兰一屁股撞进了河，胳膊扭伤了 而且嗓子还哑了
521杀人犯工藤新一，柯南发烧
受伤就多了
001 云霄飞车杀人事件 （被GIN打伤头部并灌下APTX-4869）
002 董事长千金诱拐事件 （被绑架犯殴打，多处受伤）
034 山庄绷带怪人杀人事件（上集） （为救小兰脚腕扭伤）
035 山庄绷带怪人杀人事件（下集）
118 浪花连续杀人事件（被邵渊己一郎用刀刺伤）
128 黑暗组织10亿抢劫事件（被宫野明美打昏）
136 蓝色古堡搜索事件（上集） （调查时被犯人偷袭）
137 蓝色古堡搜索事件（下集）
188 危命的复活 洞窟内的侦探团 （被犯人开枪击中肺部，最危险的一次）
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三个选择
230 诡密的乘客（上集）
231 诡密的乘客（下集） （为救灰原被爆炸的冲击波击中，腿部受伤）
321 消失的绑架逃逸车（前篇） （被绑架犯误绑，轻微擦伤）
322 消失的绑架逃逸车（后篇）
345与黑暗组织正面对决 满月之夜的双重推理，被自己的麻醉针睡着 还有贝尔摩得的催眠瓦斯
剧场版
【引爆摩天楼】 被打伤脑袋
【第十四个目标】 柯南的真实身份新一也属于其中一个被害的目标
【瞳孔中的暗杀者】被追杀，为救小兰擦伤
【通往天国的倒计时】
【迷宫的十字路】柯南被打，而且变回新一了
【侦探们的镇魂曲】被打，腿瘸了
【绀碧之棺】差点淹死
【战栗的乐谱】被打晕扔到了一艘小船上
【漆黑的追踪者】最后的一段，为逃避琴酒的追杀，弄得挺惨的
【沉默的十五分钟】被埋在雪底下
ps：新一是跑堂的。。。出来一会就便会柯南了，所以貌似没有受伤的。。。。
希望能帮到你哦~
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331,332疑惑的咖喱饭，感冒，又被小兰一屁股撞进了河，胳膊扭伤了 而且嗓子还哑了
521杀人犯工藤新一，柯南发烧