免疫程序是为使疫（菌）苗充分发挥其应有的防疫效果，而合理计划安排与规定的免疫步骤和方法。免疫程序的制定，必须根据疫病流行的情况和规律，动物的用途（如种用、肉用和蛋用）。年龄和饲养条件，疫（菌）苗的种类以及免疫途径等方面来决定。
制定免疫程序应着重考虑下列因素：
（1）本地或本场鸡病的发生历史、现状以及周围地区的疫情。对本地尚未发生的疾病（如传染性喉气管炎）必须在证明确实受到严重威胁时才能计划接种，对强毒型的疫苗更应非常慎重，非不得已不引进使用。
（2）所养鸡群的用途、年龄、饲养期。例如，种鸡在开产前要接种传染性法氏囊病油乳剂灭活苗，而商品鸡则不必要。
（3）母源抗体的影响。这对鸡新城疫、鸡马立克氏病和传染性法氏囊病疫苗选择时应认真考虑。
（4）不同品种的鸡对某些疾病抗病力有差异。
（5）不同疫苗之间的相互干扰和接种时间的科学安排。
（6）疫苗生产厂家和疫苗剂型的选择。如活苗与灭活苗、湿苗与冻干苗、细胞结合型与非细胞结合型疫苗。
（7）疫苗剂量与不同接种途径的选择。
（8）同一种疫苗应根据毒力先弱后强来安排（如鸡新城疫疫苗先Ⅱ系后Ⅰ系）。
（9）根据季节变化、免疫监测结果及突发疾病对现有的免疫计划进行必要调整。