三省六部制在明朝时被取代。
三省六部制是西汉以后长期发展形成，至隋朝正式确立，唐朝进一步完善的一种政治制度。隋唐至宋的中央最高政府机构。 三省指
中书省、门下省、
尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、
礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。尚书省形成于东汉(时称
尚书台)；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。
汉光武帝刘秀在尚书台设三公曹、吏曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。
宋公元1086年，反变法派执政，改为三省共同议事，奏请取旨，分省治事行下，实际上使三省合一，后习惯上常统称三省。
南宋公元1129年，又实行三省合一，二十四司也时或省并，如公元1129年以礼部兼主客，祠部兼膳部，兵部兼职方，驾部兼库部，比部兼司门，工部兼虞部，屯田兼农部等，还省并若干寺监入六部。公元1163年，又进一步省并六部下属诸司，如以司封兼司勋，礼部兼祠部，兵部兼驾部，都官兼比部，工部兼屯田等。
辽代南面官系统中，设三省六部（其中“中书省”初名“政事省”），设官同于宋制。金、元、明只设一省六部，一省，金为尚书省；元、明为中书省。明1380年罢中书省，分中书省之权归于六部。至此，六部取代了三省六部制。