(1)温度管理在整个发菌期内应保持袋内料温20~26摄氏度发菌前期，菌丝体量较少，产生的生物热量相对也少，此时袋温较低，随着菌丝的生长，产生的热量也逐渐增加，袋温逐渐高于气温，应散开菌袋降低堆温;发菌后期，袋温堆温均大于气温，要采取一定的措施降低气温，以利散热
(2)湿度整个发菌期保持发菌室内空气相对湿度60%~70%
(3)光照尽量保持发菌室弱光
(4)按时翻堆检查接种后的6~7天进行第一次翻堆检查检出杂菌污染的菌袋，此时一般污染的霉菌菌落为5~10mm，孢子已经形成，肉眼已能清晰的辨别若在菌袋上出现花斑线条点粒块状物，其颜色为红黄蓝绿黑等不同的色斑都属于污染的菌袋，必须及时取出处理发现菌种不萌发枯萎等料袋要及时补接菌种
①对于轻度污染的菌袋，可用注射器注入10%的甲醛或75%的酒精，并用手指轻轻按摩菌落的表面，使药液与杂菌接触，然后用胶带贴封注射口
②对于接种口污染的菌袋，若灰树花菌丝仍在继续生长，不受大的影响时，可用5%~10%的石灰水或50%多菌灵等消毒剂抹涂污染部位，若灰树花菌丝已不能生长，可用甲醛液涂于接种口，用胶带贴封，在别处补接菌种
③对于污染严重的应查明原因，重新灭菌转接平菇等其他菌类或重新配料
(5)翻堆与通气在灰树花菌丝体生长过程中，一般7~10天翻堆1次，多与通风及调温同时进行若为打孔接种，第一次通气在菌落直径5cm左右时，打开保护袋的一端扎口透气
袋温一般高于室温3~4摄氏度，在发菌后期，应降低室温，以利于散热这时可以去掉保护袋或封口胶带通常经过40~60天培养，菌丝可发满袋，完成发菌过程
(6)原基转色在采用小袋栽培一端接种时，菌丝发满后，可看到培养基表面扩散形成一层厚薄不匀的菌膜，然后一部分面上凸起，这些凸起物就是灰树花的原基充足的散射光是原基转色的必要条件，在长期黑暗的条件下形成的原基不会转色，切忌直射光照射，否则原基发黄霉烂一般在适宜的环境条件下，原基转色需要5~10天，此时要加强培养室的通风换气，保持室内空气新鲜，同时要经常检查原基是否会顶到棉塞如果原基快要顶到棉塞时，要及时拔掉棉塞，否则原基会影响子实体的形态，甚至畸形或死亡霉烂原基转色后，应及时检出移到出菇场地管理
若采用大袋打孔接种，菌丝发满后，在菌袋的侧面以“V”形划口，保持室内空气相对湿度80%~90%，光照500lx左右及良好的通风，促使划口处菌丝增厚，形成原基原基形成后，再进行转色管理