在官方资料中，萨达姆共有三名妻子。1963年，他在埃及流亡时，迎娶叔父女儿Sajida Talfah，两人早在萨达姆5岁时已订下婚约。他们育有两子三女，包括Uday Saddam Hussein及Qusay Hussein，以及女儿Rana、Raghad及Hala。在父亲操控下，Uday掌握伊拉克媒体；Qusay则带领共和军，他同时被视萨达姆政权的继承人。
除了Sajida外，他亦娶了两名妻子。1986年，他迎娶已婚之妇Samira Shahbandar，育有一子Ali，之后再娶Nidal al-Hamdani，外界均指两人的丈夫是被迫离婚。
不过，在萨达姆往后生涯中，家庭的割裂越见明显。1995年8月，女儿Rana与夫婿Hussein Kamel，以及Raghad与丈夫Saddam Kamel，一同带同子女逃往约旦。事后，萨达姆承诺会原谅他们，要求他们回国，但1996年2月，当他们回国第三天，两名女婿被部族成员指责为叛国贼，将他们击杀。萨达姆事后指虽然已原谅他们，但他们已被褫夺所有地位及不会受到保护。
1996年12月12日，萨达姆妻子Sajida及Raghad和Rana涉嫌参与暗杀Uday而遭软禁。事件中，Sajida的兄弟Adnan Khairallah据传被处决，他本身亦是萨达姆的童年挚友。
萨达姆倒台后，他们亲人亦在各国流亡。女儿Hala的丈夫Jamal Mustafa Sultan al-Tikriti本身是伊拉克部族事务副部长，2003年已向美国投降。另外两女Raghad及Rana则与合共九名子女留在约旦阿门，当时 Raghad曾接受美国有线新闻网络访问时指：“他是一个很好的父亲，有爱心，有很大的心胸！”她隔着电视向父亲说：“我爱你，我很想念你。”Rana则说：“他情感丰富，与我们一起时总是非常温柔。”
至于被外界称为“化学阿里”的Ali Hassan al-Majid，是萨达姆的表亲，他被指1988年下令使用毒气，2006年仍被美国扣留。2010年1月17日，伊拉克高等刑事法庭第四次判处马吉德死刑。1月25日，马吉德被执行死刑。
