开具发票有两种方法。
第一种，向用工单位收取的全部价款和价外费用开在同一张发票上：
开具增值税发票时，通过增值税发票管理新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额(全部价款和价外费用)和扣除额(支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用)，系统自动按照差额和5%征收率计算税额和不含税金额，税率栏打印三个星号，税额栏为差额应纳税额，备注栏自动打印“差额征税”字样。
发票开具不应与其他应税行为混开，只能开具一行。
第二种，分开开具发票。差额部分，单独开具增值税发票(包括增值税专用发票和增值税普通发票)，税率栏填写“5%”，税额栏为应纳税额。
向用工单位收取用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，单独开具增值税普通发票，开具时选择“不征税”，税率栏打印三个星号，税额栏为0。
纳税人可以在增值税发票管理新系统中开具差额征税的发票，企业录入含税销售额和差额部分的扣除额，系统会自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，该类型发票的开具不应与其他应税行为混开。
根据财税〔2016〕36号文规定，一般纳税人和小规模纳税人提供劳务派遣服务，都可以选择差额征税的开票方式，即以取得的全部价款和价外费用，扣除代用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。例如，某劳务派遣企业收到用工方支付的劳务派遣费用100万元，其中需要发放给员工的工资有75万，四险一金等21万，收取的服务费4万，该劳务派遣企业选择差额征收，则其应当缴纳的增值税=（100-75-21）/1.05*5%=1904.76元。
如果选择了差额纳税，那么劳务派遣企业向用工单位收取的用于支付给劳务派遣员工工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金的费用，不得开具增值税专用发票，只可以开具增值税普通发票。
法律依据
《票据法》
第三条，票据活动应当遵守法律、行政法规，不得损害社会公共利益。
《劳动合同法》
第六十二条规定，用工单位应当履行下列义务：
（一）执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护；
（二）告知被派遣劳动者的工作要求和劳动报酬；
（三）支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇；
（四）对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的培训；
（五）连续用工的，实行正常的工资调整机制。另外，第五十九条第二款还规定，”用工单位应当根据工作岗位的实际需要与劳务派遣单位确定派遣期限，不得将连续用工期限分割订立数个短期劳务派遣协议"。
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