日本人身高矮小的原因：
1、日本的地缘位置，日本独自飘零在广阔的太平洋上，四面八方都是被海洋覆盖，国土面积狭小，自然而然它的资源非常有限，像牛羊马这些大型动物奇缺，导致能够提供肉食的几率不高，日本人吃肉全靠着鱼肉。然而，由于当时日本的科技水平有限，大范围捕捞业难以形成规模，海鱼就很难源源不断地进入到普通日本人的餐桌上，日本人全靠着吃蔬菜为生，肉食摄入极少。
2、日本的观念，古代的中国国力强盛，深深影响着岛国日本，佛教自此流入日本，鉴于佛教倡导的理念，日本人更少进食肉类。长此以往，就注定了日本人的矮小，而日本人又经常称呼自己为"大日本帝国"，这就成为被调侃的对象了。
身高比较高的国家
人均182.5CM身高的荷兰，是世界上身高最高的国家，被誉为“巨人”之国。当你走在阿姆斯特丹街头，190CM身高的男性比比皆是，180CM以下的男性都很少看到。至于女孩，基本清一色的170CM，180CM以上的女孩也并不少见。
但荷兰人可并不是一开始就这么高，甚至在18世纪以前还是欧洲最矮的一个国家。在过去的150年间，荷兰男性身高平均增高了8英寸（约20厘米，美国只增加了6CM），它的身高之谜，也是后来许多国家探究和借鉴的地方。
荷兰拥有世界上最优质的乳制品制造业，对荷兰人来说每天一杯牛奶都是习以为常的饮食习惯。而且由于靠近海边，拥有丰富的渔产资源，荷兰人的餐桌那是有菜有鱼有肉十分丰富，营养也比较均衡。
古代日本人的身高在1米4、5左右，所以才会被称为倭人，‘倭’是人矮的意思。现代日本人的身高有了大幅的提高，男性1米7，女性平均一米五五，比古代有了大幅的提高。
古代日本人矮，那是因为日本岛国，环境封闭，这种环境只有矮个子适合生存，再加上耕地面积少，食物的来源不充足。基因的因素和饮食习惯加在一起，使得古代的日本人长得矮。
日本国位于亚洲东北方的海面上，由一连串岛屿和山脉组成，总面积377682平方公里，在日本的历史上，水稻一直是主要农作物。由于海岛的地理特点，日本稻田的面积一般不大，难以能收获更多的粮食，养家糊口，这样的自然环境和生活环境使日本人长不高。
在八世纪的时候，日本的天皇曾下诏禁止贵族吃肉，上层影响下层，以至于整个日本国民在以后的千余年时间里都很少吃肉。贵族以及后来的高级武士阶层更以吃肉为耻，在如此长的时间内，日本人只以谷物，蔬菜和鱼为食，缺乏肉类来提供丰富的蛋白质，营养不良才导致了矮小的身材。
下面截图为日本人（1945-2010年）的身高及体重变化图：
阿伊努人是日本列岛上的土著人种，其别名又称“虾夷”（AimiXi，Aizou）。其人种体型与北美印地安人接近。高颧，深目，多毛，身矮，大脚，大头，具有鲜明的体征。他们一度占据过大部分日本列岛。一直到8世纪，仍然控制着本州岛的三分之一地区。
深知日本的前美国驻日大使（1961－1966）赖肖尔，在他的名著《日本人》中曾经指出：阿伊努人后来“逐渐地被日本民族的主体所征服和同化，迄今，只有在北海道岛屿尚存在约二万人。但是至今他们也还保持着自己的文化特征”。他还指出：Ainu人在体型上具有一些与其他族类不同的特殊特征：身材矮小（其现代男性已混血，但平均身高仍仅1．60米）。更有特点的是，他们“脸上与身上明显地毛发较重”，“他们代表一种现代民族尚未形成之前的早期土著（日本）人”。（节录赖肖尔《日本人》）