中共中央统战部的机构设置是为了更好地履行其职责。以下是主要的部门分工：
1. 办公厅：负责部门内外的联络与综合协调，确保机关运营的顺畅和高效。
2. 政策理论研究室（包括宣传办公室）：主要进行统一战线理论与政策的深入研究，组织大型调研，管理部内刊物，收集统一战线信息，起草重要文件和文章。宣传办公室负责统战宣传工作，与媒体合作，开展海外统战宣传。
3. 民主党派工作局：联系民主党派，执行党的方针政策，研究并提出意见，协调民主党派参与政治和社会事务，协助民主党派自身建设。
4. 民族、宗教工作局：对民族、宗教事务进行调研，联系少数民族和宗教界代表人物，参与反分裂活动，并协助少数民族干部培养。
5. 港、澳、台、海外工作局：负责联系海外社团和个人，处理台湾事务，推动海外统战工作，并管理中华海外联谊会办公室。
6. 干部局：负责党外代表人士的政治安排，包括选拔、培养和考察，以及统战干部的培训和人事管理。
7. 经济局：联系全国工商联，研究非公有制经济代表人物政策，推动支边扶贫工作，与海外工商社团保持联系。
8. 党外知识分子工作局：负责各界无党派代表人物的联系，了解情况，提出政策建议，负责特定领域的统战工作。
9. 机关党委：负责机关党的建设和群团工作，包括思想、组织、作风建设和纪律检查。
中央统战部还设有如干部培训中心和机关服务中心等事业单位，以支持其各项工作的开展。
自二十世纪三十年代，中国抗日民族统一战线形成后，中共就开始设置了类似机构。1938年，中国共产党六届六中全会通过的《关于各级党委暂行组织机构的决定》规定，在区委以上各级党委之下设立统一战线工作部。