安徽民航机场集团的组织架构是基于法制化管理，设立了董事会、监事会和经营管理层，实现了权力的有序分散与集中。董事会、监事会和管理层的人员通过双向进入和交叉任职的方式，共同构建了一个高效运作的领导框架。这个框架中，集团内部设有包括综合办公室、党群工作部、人力资源部、财务部、规划发展部和安全管理部在内的“六部一室”，确保了各项工作的有序进行和战略实施。
为了优化业务结构和提升运营效率，集团遵循业务相近、主辅分离的原则，对原省机场管理公司的资产进行了整合。合肥和黄山两个机场以及另外17个子公司被合并，形成了合肥机场和黄山机场两个独立的分公司。此外，集团还成立了安徽民航机场实业有限公司、安徽民航客货销售有限公司和安徽民航机场建设有限公司等三家专门从事经营的子公司。这种整合策略有助于集团规模的扩大和竞争力的增强，为未来的发展奠定了坚实的基础。
安徽民航机场集团，代理国内国际所有航空公司进出安徽的航空地面服务业务，属安徽省国资委管辖，是安徽门户机场，正在新建的新桥国际机场将升级为4e级机场，可以起降A380以下机型。