1997年，菲律宾海军炸毁黄岩岛上的中国主权界碑，随后派兵驻守。
1997年起，菲律宾以“国际法”和“实际占领”为由表明了对南海主权的要求。
1997年5月20日，菲律宾海军巡逻艇在黄岩岛外11,000米处抓捕了一艘准备航行到马绍尔群岛的中国渔船，抓捕了21名中国渔民。
1998年1月到2月，中国海南省四艘渔船在黄岩岛海域被菲律宾海军拦截，51名渔民遭到“非法入侵菲律宾”领海的指控，被菲律宾关押到菲律宾本土长达6个月时间。
1999年5月23日，中国一艘渔船在黄岩岛遭到菲律宾海军的追击并且被撞沉，菲律宾使用机枪扫射渔船上的中国渔民，11名中国渔民掉入大海。
2000年5月28日，菲律宾海军在黄岩岛海域使用机枪射杀1名中国渔船上的船长，船长名叫“符功武”。
2009年，菲律宾总统阿罗约正式签署“领海基线法”，将南海中的南沙群岛、太平岛、黄岩岛划归菲律宾国土范围。
2012年4月10日，菲律宾海军护卫舰“德尔皮拉尔号”在黄岩岛海域抓捕12艘中国渔船，随即登陆中国渔船试图抓捕渔民，同时拿出已经打印好的全外文文字凭证要中国渔民签字画押承认“入侵菲律宾”，不久之后，中国海监船75号和海监船84号抵达，菲律宾海军放过中国渔船和渔民回到自己的护卫舰，开始和中国渔政船对峙。
2012年4月12日，“德尔皮拉尔号”撤出，改由海岸警卫队“巴拉望号”继续对峙。
2012年4月16日，菲律宾海军“埃德萨号”护卫舰替换“巴拉望号”护卫舰，继续和中国渔政船对峙。
2012年4月20日，中国最先进的渔政船中国渔政310抵达黄岩岛进行巡查。
2012年4月22日，菲律宾海军司令亚历山大·帕玛少将命令2艘战舰和1架反潜机抵达到黄岩岛海域，战舰和反潜机是4月21日出发的。
2012年4月23日上午，菲律宾外长艾伯特·德尔·罗萨里奥说：“菲方不会把海岸警卫队船只从黄岩岛撤回，当我们愿意离开时才离开，不是被人要求离开就离开”，菲律宾总统阿基诺三世则强硬说：“菲律宾会继续在黄岩岛部署船只，相信那是菲律宾水域”；面对菲律宾日益嚣张的声势和严重恶化的事态，下午，中国渔政310船和中国海监84船率先离开黄岩岛海域，分别前往黄岩岛东南方向12海里和8海里海域进行警戒，只留下一艘海监与菲律宾海警对峙，中国驻菲律宾大使馆发言人张华向媒体说：“中方只愿通过友好外交磋商解决黄岩岛事件”。
2012年4月24日，面对中国的警戒，菲律宾派出海警船换班，同时增加一艘环境监测船到黄岩岛。
2012年4月27日，菲律宾外交部在记者发布会上宣称：“菲方将暂停与中国就黄岩岛问题展开新的外交对话，直到中国驻菲大使馆将双方的协议信息‘真实地’传给北京。”
2012年4月29日，菲律宾6艘渔船抵达黄岩岛潟湖。
2012年5月6日，菲律宾外交部联手菲律宾海岸警卫队开始着手清理黄岩岛上历史以来的任何与中国相关的标记。
据菲律宾《每日问询者报》5月9日报道，菲律宾军方报告称，在黄岩岛海域的中方船只数目已经从上周的14艘增加到了目前的33艘，其中包括中国海洋渔业执法船310号、中国海监船75号和81号、7艘渔船、23艘快艇。
2012年5月9日，中国同菲律宾的执法船在南海黄岩岛对峙持续到第四个星期，局势愈趋紧张，日本防卫省指，解放军一支大型舰队正在南下，目的地不明；日本海上自卫队侦察机，侦察到这支舰队由五艘军舰组成，其中包括一艘排水量二万吨的071级大型两栖登陆舰，两艘052B级导弹驱逐舰及两艘江凯二级导弹护卫舰，其间有直八舰载直升机飞行，这支舰队在上星期日已位处台湾东南海域。
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