What are you和Who are you两者都有are you，意思是“你是.......”。
但是前者意思是“你是做什么的？”，可以作为一个完整的句子使用；后者意思是“你是谁”，一般不作为单独的疑问句，常用来作为从句，表示一种陈述的语气。
比如：
what are you？你是谁？（疑问句）
I dont know who you are. 我不知道你是谁。（陈述句）
一、词组的含义
1、What are you
读音：英式发音 [wɒtː ɑː(r) ju] ，美式发音 [wɑtː ɑːr jə] ，读音有丢丢的区别。意思：你是做什么的？ 问的是你的职业。
What are you？属于一般疑问句，可以作为一个单独的句子使用。
2、Who are you
读音：英式发音 [huː ɑː(r) ju] ，美式发音 [huː ɑːr jə] ，前者r可以不发音。意思是：你是谁？问的是你的身份，也就是identity（身份）。
Who are you一般不作为单独的疑问句，常用来作为从句，表示一种陈述的语气。
二、What are you和Who are you 具体用法区别
1、What are you用法
（1）What are you是一个简单的疑问句。意思是：你是做什么工作的？问的是一个人的职业，一般可以回答：I'm a teacher。（我是一个老师）
（2）What are ＋you＋现在分词。意思是：你正在做什么？比如：What are you doing? 我正在做什么？答句：I am reading a book. 我正在阅读一本书。
（3）结构问句：What＋am（are，is）＋主词＋现在分词？答句：主词＋am（are，is）＋现在分词…。
比如：What are the girls doing? They are singing. 姑娘们正在做什么？ 她们在唱歌。
2、Who are you用法
（1）用who提问的话，是问人的身份。比如：Who are you?（你是谁？）这是一个非常特殊的疑问句。
（2）Who are you？一般不作为单独的疑问句，常用来作为从句，表示一种陈述的语气。比较规范的用法比如：I don't know who you are. 我不知道你是谁。（此时who you are作know的宾语，这个是一个宾语从句。）
（3）who are you这个短语的语气可轻可重。轻点的说，比如面对面说who are you可以简单理解是“你是谁？”。如果是语气很重的话，比如：'Who the hell are you?' he demanded angrily. “你到底是谁？”他气势汹汹地查问道。（潜台词可能也是：你算啥玩意儿？）所以说这个短语使用的时候需要结合语境，慎用。