宋教仁是袁世凯指使洪述祖，派刺客武士英将宋教仁暗杀于上海火车站。
1913年中华民国国会大选，国民党大获全胜，宋教仁正欲循欧洲“内阁制”惯例，以党首身份组阁之际，袁世凯惶恐不安，策划构陷宋教仁，未果之下，在1913年3月20日指使洪述祖派刺客武士英将宋教仁暗杀于上海火车站，子弹从后背射入体内，射中其右肋，斜入腹部，凶手开枪后逃逸。
宋教仁疼痛难忍，趴倒在一张椅子上，用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“吾痛甚，殆将不起……”，当时在火车站送行的黄兴、于右任、廖仲恺等将宋教仁送往沪宁铁路医院急救。在医院中他向于右任留下遗嘱：
今以三事奉告：一、所有在南京、北京及东京寄存之书籍，悉捐入南京图书馆；二、我本寒家，老母尚在，如我死后，请克强与公及诸故人为我照料；三、诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当，死亦何悔？
他并授意黄兴代拟电报给袁世凯，讲述自己的中弹经过和革命生涯，最后希望袁世凯能够竭力保障民权，自己则虽死犹生。
手术后，情况没有好转，大小便中出血严重；21日下午，宋教仁再次被送进手术室，延至22日凌晨4时48分不治身亡，年仅31岁。身故后，范鸿仙拍下宋教仁遗体的照片，今宋教仁墓安于上海市闸北公园。
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宋教仁是一位颇有争议的清末民初时期的政治人物。在当时的社会历史条件下，他投身民主革命和民主政治建设，并从中传播西方政党观念，组建政党，推行政党政治，虽在民初过分注重议会竞选，却也不可藉此否定其无可替代的历史地位。
宋教仁是辛亥革命的领导者和中华民国的创立者之一，是民初政党政治最主要的倡导者和先行者之一。与孙中山等同时代人比较，认为宋教仁是民初政党政治身体力行的第一人，也不过分。
新中国建立后，1954年，在制定第一部宪法的过程中，毛泽东谈及宪政历史时，还对宋教仁有过贡献的《临时约法》作了历史的肯定，说：“民国元年的《中华民国临时约法》，在那个时期是一个比较好的东西，当然，是不完全的，有缺点的，是资产阶级性的，但它带有革命性、民主性。”因此，关于宪政和宋教仁从事宪政活动的革命性、民主性，是无庸置疑的。开启中国近代民主宪政历史，不是宋教仁的过错，而应是他的重大历史功绩之一。
参考资料来源：百度百科-宋教仁 （中华民国时期革命家）
我认为指使武士英刺杀宋教仁的幕后元凶应该不是孙中山或袁世凯，而很可能是袁的手下洪述祖自以为可以邀功而指使武刺杀了宋。这个说法可以解释目前公开的所有资料。
刺杀宋教仁的过程，跟随袁世凯多年的机要秘书张一麟做过一个评语，我认为这基本就是真相，他说“宋案之始，洪述祖自告奋勇谓能毁之。袁以为毁其名而已，洪即唆使武刺宋以索巨金，遂酿巨祸。袁亦无以自白。小人之不可与谋也，如是。”
洪述祖是袁的手下；应桂馨原是青帮成员，但后来不受革命党重用，则背弃革命党投奔到了洪述祖手下。洪述祖为了邀功，跟袁世凯说可以“毁宋”，按袁世凯的理解就是毁掉宋的名誉。这些都有应桂馨家中搜查到的密电为证。
但是，洪述祖没有什么办法打击宋的名誉，所以就让应桂馨派武士英杀了宋。史实记载宋死后洪第一时间逃到了青岛德租界，这说明他确实与此案有关。
不到一年，应桂馨向洪述祖索要酬金未果，然后向袁世凯索要刺杀宋教仁的酬金50万，结果被袁世凯派人打死。这反而说明了袁不是幕后元凶，因为以袁的心思缜密，如果是他指使，他大可以给一笔酬金给应桂馨，而不会让应桂馨把这个事情抖露出来。事实很可能就是洪述祖骗应桂馨说，袁想杀宋，你去杀宋后可以得到赏金。所以这才导致应桂馨向袁索要酬金的事情，至于应桂馨将这件事抖露出来，是因为他误以为袁世凯会害怕，这样就能拿到钱和保命。结果袁世凯偏偏杀死了他，这恰好说明袁不是幕后指使者。
另外，刺杀不是袁世凯的风格，如果要杀宋教仁，那他应该在国民党当选议会多数之前杀，而且杀宋教仁一人也远不够。另外，宋是不主张武力打击袁的，宋死后立即发生了二次革命，这在短期也不是袁愿意看到的。
至于当时的总理赵秉钧，也不可能是指使者，因为赵秉钧与宋教仁私交颇深，并且得知宋的死讯时惊慌失措，宋死后也立即辞职，说明宋的死对他没有好处。至于赵秉钧的去世，当时多位医生都证明不是毒杀，所以没理由说赵秉钧是被袁世凯毒杀的，他可能是工作劳累致死。
为何我说孙中山不是杀宋教仁的指使者呢？很简单，刺杀也不是孙的风格，虽然他与宋的政见有分歧，但是宋的死对于孙而言绝对是不利的，后来的二次革命失败也说明了孙是不会靠杀战友来获取二次革命的借口的，因为武力上比袁差了很多，还不如靠宋的战略夺取议会多数票更可靠。
那么为何陈其美不是杀宋教仁的指使者呢？陈其美是孙中山的忠实得力骨干，他虽然为争权刺杀过一些革命党人，但对于宋教仁这个十分重要、而且地位仅次于孙黄的人，他还是要掂量一下孙的意见的，如果孙没有这个意思，那么他是不会杀宋的。而上面我讲了孙是不会杀宋的，所以陈其美也不会杀宋，这主要是因为宋在革命党中的重要性太高了。
为何武士英在审讯过程中被干掉？为何武士英在审讯过程中的举止很镇定自若？这可能是因为，陈其美等人搜查应桂馨家中的密电时，早已确定了袁世凯不是幕后指使者，真正的指使者是洪述祖，所以为了嫁祸袁世凯，则私下跟武士英达成了某种协议，让他指正袁则保他一条命，但后来可能因为某种原因不能留活口，所以陈其美将武士英干掉。
二次革命期间，上海检察厅的很多原始档案都被陈其美的士兵有意捣毁，真相更是难以查明。这可能是陈其美等人为了嫁祸袁世凯，让世人更加痛恨袁而做的工作。
洪述祖在1917年被抓住，上了绞刑架，死前写对联：“服官政，祸及其身，自觉问心无愧作；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”，这里面也说明洪述祖当年可能是为帮袁世凯自己做主杀死了宋教仁，因为他觉得杀了宋教仁可以“服官政”，也或许他认为袁很想杀宋。
1，袁世凯从来没有暗杀记录，孙中山却有。例如陶成章和黄远庸。
2.袁世凯和宋教仁关系好。宋是国民党内部的主张和袁世凯搞好关系的人物。但是宋和孙关系不好。两人政见不同，而且有竞争关系。
3.袁世凯没有理由暗杀宋教仁。国民党虽然成为国会第一大党，但是没有过半。支持袁世凯的进步党，共和党，超过国会一半。袁世凯有什么必要暗杀宋呢？再说了，杀掉宋也不能杀光国民党的所有议员，也改变不了国民党第一大党的事实。但是对于孙中山来说，暗杀宋起码可以帮他除掉党内的对手。
4。凶手武世英是孙中山亲信陈其美的手下，莫名其妙死在国民党控制下的上海监狱。
5.在法律解决宋案的时候，孙中山竟然在民主国家发动战争，可见心虚。