菏泽现有高等院校4所，其中本科院校（菏泽学院）1所，高等职业院校（菏泽家政职业学院 菏泽技术学院）2所，普通专科学校（菏泽医学专科学校）1所
菏泽学院 菏泽学院是山东省菏泽市唯一的全日制普通本科高校。学校前身是始建于1949年初的冀鲁豫区第二师范学校。现有招生专业中，本科专业43个、专科专业23个，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学9大学科门类；有省级重点学科2个，省级特色专业4个，省级精品课程7个，省级重点实验室1个，省级人文社科研究基地1个。全日制在校生17000余人，成人教育、远程教育和职业教育在读生13000余人。教职工1307人，其中具有硕士、博士学位的581人，具有高级职称的349人。教师中有享受国务院政府特殊津贴的专家3人，全国优秀科技工作者1人，山东省有突出贡献的中青年专家3人，省级教学名师6人，省级优秀教学团队2个。学校被评为“省级文明单位”“省级花园式单位”“山东省高校平安校园”“山东省高校民主管理先进单位”“全省职工职业道德建设先进单位”“全国无偿献血先进单位”“全国大中专志愿者暑期‘三下乡’社会实践活动先进单位”等，获得了省级思想政治工作创新奖等奖励。菏泽学院必将成为菏泽一道亮丽的风景线，成为京九线上一颗璀璨的明珠。
菏泽家政职业学院 是在山东省菏泽卫生学校的基础上,经山东省人民政府批准,教育部备案的专科层次的国办全日制普通高校。学院坐落在苏鲁豫皖四省交界的单县城,交通便利,办学环境优雅。教学医院、实践教学医院57处。设有家政服务、护理、助产、口腔医学技术、康复治疗技术、社区康复、医学检验技术、药学、生物制药技术、老年服务与管理、汽车运用技术、广告设计与制作、酒店管理、装潢艺术设计、空中乘务15个专业，其中护理专业是省级示范专业。学院是全国教科研示范基地，被中国家庭服务业协会确定为“全国家政研究中心”、全国创新型院校、山东省职业教育先进单位、全国家庭服务业先进单位、省级精神文明单位。是一所办学特色鲜明、倍受社会欢迎的高等学府。
菏泽市技术学院 始建于1980年，原名“菏泽地区劳动技校”。现学院已形成集技师、高级工、中级工、中专为一体的、多层次、多专业综合性技术学院，是菏泽市唯一一所经国家教育部、国家劳动和社会保障部批准的“双国家级”重点院校，是财政全额拨款副厅级事业单位，隶属于菏泽市人民政府。先后开设专业30余个，在校生5000余人，累计为社会输送合格毕业生6万余人，学院先后荣获“国家农村劳动力转移示范基地”，国家科技部、教育部、劳动和社会保障部“全国电子智能化教学培训基地”,团中央“全国青年创业培训基地”及“山东省技工学校教学质量优秀单位”，“山东省技师培训基地”，“山东省特种作业人员培训单位”，“菏泽市下岗职工培训示范基地”等荣誉称号。学院地理环境优越，人力资源丰富，经过了30年的风雨锤炼，现已成为鲁西南地区乃至全国职业技术教育中的一颗璀璨明珠。
菏泽医学专科学校 座落在中国牡丹之乡——山东省菏泽市，是一所省属全日制普通高等专科学校，隶属于山东省卫生厅。前身是创建于1950年的平原省卫生学校，现开设临床医学、麻醉学、口腔医学、护理、助产、药学、医药营销、医学检验技术、医疗保险实务等9个专业13个专业方向。其中，麻醉学专业为省级教学改革试点专业，《药理学》、《诊断学》为省级教学改革试点课程；《药理学》《生理学》《诊断学》《生物化学》等为省级精品课程，药学专业教学团队被评为省级教学团队。拥有附属医院3所，教学医院、实践教学医院76所，另有药厂、药检所等药学专业实习基地5处，医疗保险实务专业实习基地5处。自2001年以来，我校专升本录取人数和录取率连续10年居全省同类院校第一名。学校先后获山东省普通高等学校教学管理先进单位、省级卫生先进单位、省级社会治安综合治理先进单位、省级文明单位、省级文明校园等荣誉称号。
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