东莞农村商业银行的发展历程可以追溯到1952年，当时成立了八个信用互助组，为当地经济注入了金融活力。1953年10月，新基信用组晋升为信用社，成为东莞地区最早的一家金融机构，紧跟东莞县人民银行的步伐，为金融机构的建设奠定了基础。
进入80年代，1985年，东莞信用联社的成立，标志着东莞农村金融体系的进一步完善。1996年，一个重要的里程碑，东莞农信与农业银行脱离了行政隶属关系，实现了业务独立运营。
1999年，东莞农信迈出了国际化步伐，成立了国际业务部，正式开展外汇业务，成为国家外汇指定银行和中国外汇交易中心会员，与全球超过4000家银行实现了24小时实时结算，增强了其在全球金融市场的竞争力。
2001年4月，东莞农信实现了广东省大中城市的通存通兑，服务网络进一步扩展。2003年8月，信通卡的发行，标志着其金融服务产品线的丰富。2004年，作为全省农信社改革的试点之一，开始了统一法人体制的改革，为未来发展打下了坚实基础。
2005年5月19日，"东莞市农村信用合作联社"正式挂牌，正式更名为东莞农村商业银行。2009年，改制工作正式启动，东莞农村商业银行组建工作领导小组和筹建工作小组成立，为新的发展阶段做好准备。
2009年12月23日，东莞农信成功转型，正式更名为"东莞农村商业银行"，并举行了揭牌仪式，标志着新的金融篇章的开启。2010年，东莞农村商业银行的影响力进一步扩大，惠州仲恺东盈村镇银行在12月17日正式开业，这标志着东莞农商行跨区域经营的开始。
东莞农村商业银行是在东莞市农村信用合作联社（以下简称东莞农信社）基础上整体改制设立。改制后，原东莞农信社的全部资产、负债、机构和人员依法由设立后的东莞农村商业银行承继，其经营管理模式将按照现代股份制商业银行的标准运作。东莞农村商业银行注册资本43.13亿元，设135个支行、390个分理处。