鸟类是由早期爬行类的一支进化而来的，世界闻名的始祖鸟（Archaeopteryx）化石代表爬行类过渡到鸟类的一个中间环节。但鸟类究竟起源于哪类爬行动物尚没有定论，目前大致有两种假说。
图6-16 爬行动物进化谱系
（据Strickberger，2000）
1.起源于恐龙
最早由赫胥黎（1868）依据与始祖鸟同一产地出现的一小型兽脚类恐龙——美颌龙（Compsognathus）与始祖鸟的相似构造，提出鸟类起源于恐龙的假说。该假说主要依据鸟类与虚骨龙类头后骨骼相似的形态结构特征，骨骼中空、构造轻巧，颈椎长，荐椎超过3枚，肩胛骨长而窄，腰带各骨伸长，胫骨近端外侧有一脊与腓骨相连，腓骨比胫骨细长且小等。最近在我国辽西所发现的几种带羽毛或毛发的恐龙，如中华龙鸟（Sinopteryx）等，说明鸟类确实与恐龙有着密切的关系（图6-17）。
2.起源于槽齿类
该假说由马奇（Mudge，1879）提出，认为鸟类是由槽齿目进化而来的，主要是基于发现于南非的派克鳄（Euparkeria）化石的特征。派克鳄是二足行走的肉食性爬行动物，骨骼构造纤弱，部分中空；头骨结构轻巧，高而窄，眼眶较大，具两个大的颞孔和眶前孔。我国辽西发现的孔子鸟（Confuciusornis）化石，其头骨具有大的眶后骨，眶后骨与鳞骨一起构成双弓形头骨，与原始的初龙类爬行动物接近。
根据我国辽西发现的大量早期鸟类化石的研究，晚侏罗世—早白垩世鸟类呈现两大演化支系，一是以始祖鸟、孔子鸟等为代表的蜥鸟亚纲支系，另一个是以辽宁鸟为先驱的今鸟亚纲支系（图6-18）。
图6-17 有关鸟类起源两种假说的代表性化石
a—槽齿说，Euparkeria，南非，下三叠统；b—恐龙说，Sinopteryx，中国，上侏罗统—下白垩统