北京市小客车指标申请流程指南如下：
一、指标申请
申请时间：每年1月1日至3月8日、8月1日至10月8日。
申请条件：个人申请条件 单位申请条件。
申请方式：北京市小客车指标调控管理信息系统 各区(县)政府对外办公窗口。
申请指南：个人申请指南，单位申请指南。
二、资格审核
查询时间：
1月1日至3月8日提交的申请，4月9日起可查审核结果。
8月1日至10月8日提交的申请，11月9日起可查审核结果。
查询方式：
北京市小客车指标调控管理信息系统各区(县)政府对外办公窗口。
三、参与摇号/轮候配置
普通指标摇号时间：
上半年：6月26日上午10:00
下半年：12月26日上午10:00
新能源指标配置时间：5月26日上午10:00
四、摇号/配置结果查询
查询方式：
1、网上查询：摇号/配置结束后，登录北京市小客车指标调控管理信息系统查询配置结果。
2、个人：登录系统后进入用户中心，在配置指标功能区点击“我的个人申请”查询配置结果。
3、单位：登录系统后进入用户中心，在配置指标功能区点击“申请表”查询配置结果。
4、电话查询：拨打12580查询当期摇号结果。
5、窗口查询：携带本人有效身份证件及复印件就近到各区对外办公窗口查询。
五、打印确认通知书
个人：摇号中签或轮候取得配置指标的个人，系统自动发放《个人小客车配置指标确认通知书》。申请人在系统登录后进入用户中心，在配置指标功能区会显示“我的指标”，可下载、打印《个人小客车配置指标确认通知书》；也可携带本人有效身份证件及复印件就近到各区对外办公窗口查询打印。
单位：摇号中签或轮候取得配置指标的，系统自动发放《单位小客车配置指标确认通知书》。申请人可在系统登录后进入用户中心，在配置指标功能区会显示“我的指标”，可下载、打印《单位小客车配置指标确认通知书》；也可凭单位统一社会信用代码的营业执照或统一社会信用代码的有效登记证书就近到各区对外办公窗口查询打印。
确认通知书有效期：12个月，确认通知书上记载有具体的截止日期。
六、办理相关手续
指标所有人应当在12个月的有效期内，到税务、市场监管、车辆管理部门完成车辆购置完税凭证或免税凭证办理、二手车销售发票开具、车辆登记等所有手续。逾期未办理完成上述手续的，视为自动放弃指标。