1、定义不同
民族区域自治制度，是指在国家统一领导下，各少数民族聚居的地方实行区域自治，设立自治机关，行使自治权的制度。民族区域自治制度是我国的基本政治制度之一，是建设中国特色社会主义政治的重要内容。
高度自治（High Degree of Autonomy），指香港特别行政区和澳门特别行政区享有高度的自治权，除外交和国防事务属中央人民政府管理外，香港特别行政区、澳门特别行政区享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权
2、各自目的不同
民族区域自治，是为实现少数民族当家做主，管理本民族内部地方性事务的权力，因此民族区域自治地区的自治权比一般行政区域高；
高度自治权，为解决历史遗留问题，维护祖国统一，特别行政区实行原有资本主义制度和生活方式50年不变，享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。
3、权利范围不同
民族区域自治享有民族立法权、变通执行权、财政经济自主权、文化、语言文字自主权、少数民族干部具有任用优先权。
高度自治享有行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。现行的法律基本不变。
4、特点不同
中国的民族区域自治制度有两个显著特点：一是中国的民族区域自治，是在国家统一领导下的自治，各民族自治地方都是中国不可分离的一部分，各民族自治机关都是中央政府领导下的一级地方政权，都必须服从中央统一领导。
二是中国的民族区域自治，不只是单纯的民族自治或地方自治，而是民族因素与区域因素的结合，是政治因素和经济因素的结合。
高度自治是以中央完整地对特别行政区行使主权为前提的，实行高度自治是以维护国家统一为前提的。“一国”与“两制”的正确关系应当是在坚持“一国”的前提下，允许一些地区实行不同的制度，为了维护国家主权，为了香港长期繁荣稳定，有关国防、外交等权力必须由中央政府保留。
参考资料来源百度百科-高度自治
参考资料来源百度百科-民族区域自治
1、民族区域自治是为了实现民族平等，但是实行的同是社会主义。高度自制特别行政区是一个国家两种制度的产物，是实行资本主义。
2、民族区域自治只是在领导方式上更加注重尊重民族习惯，选任更多的民族干部实现民族自治多的政策照顾，国家给与。而特别行政区就可以拥有相对独立的经济权力，独立的预算，独立的制度，除了外交和军事，国家不过多进行干预，是为了维护主权独立做出的政策。
政治体制不同
自治权限不同
公民（或居民）的基本权利不同本回答被提问者和网友采纳