灭鼠方法般可分为：物理学灭鼠、化学灭鼠、生物学灭鼠和生态学灭鼠。
1、环境灭鼠：老鼠需要水、食物以及隐蔽的栖息条件，才能生存和繁殖。因此，创造一个不适宜其生存的环境，就能使一个地方的鼠量大大下降，并能使灭鼠成果容易得到巩固。所以我们首先要搞好环境卫生、清除住宅周围的杂草、随意堆放的物品，经常清扫室内外卫生，各种用具杂物收拾整齐，衣箱、衣柜以及书籍、鞋帽等要经常检查，不使鼠类营巢。
2、物理学灭鼠法：又称器械灭鼠法，应用较久，应用方式也较多。它不仅包括各种专用捕鼠器，如鼠夹、鼠笼，也包括压、卡、关、夹、翻、灌、挖、粘和枪击等。物理学灭鼠也讲究一定的的科学技术，如安放鼠笼（夹）要放在鼠洞口，应与鼠洞有一定距离，有时用些伪装，可以提高捕杀率；鼠笼上的诱饵要新鲜，应是鼠类爱吃的食物。一般第一个晚上老鼠不易上笼因有"新物反应"，二、三天后上笼率会提高。
3、化学灭鼠法：又称药物灭鼠法，是应用最广、效果最好的一种灭鼠方法。药物灭鼠又可分为肠毒物灭鼠和熏蒸灭鼠。作为灭鼠所用的肠道灭鼠药，主要是有机化合物，其次是无机化合物和野生植物及其提取物。胃肠道灭鼠药要求对鼠有较好的适口性，不会拒食，毒力适当。由它为主制成各种毒饵，效果好，用法简便，用量大。其次是毒水、毒粉、毒胶、毒沫等。熏蒸灭鼠，如磷化铝、氯化苦可用于仓库、轮船熏蒸灭鼠。
4、生物学灭鼠法：包括两个方面：一是利用天敌灭鼠，鼠类的天敌很多，主要是食肉目的小兽如黄鼬、野猫、家猫、狐等，鸟类中的猛禽如鹰、猫头鹰等，还有蛇类。因此保护这些鼠类天敌，对减少鼠害是有利的。
5、生态学灭鼠：也就是通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。
老鼠的危害：
1、传播与保存疾病
老鼠为啮齿动物，在全世界近1800种啮齿动物中，携带的病原体达200余种，80～90%的啮齿动物在传播疾病的过程中起着主次不等的作用。啮齿动物传播的病原体中，已知能使人致病的细菌有12种，病毒31种，立克次体5种，寄生虫7种。在我国主要的鼠传疾病有：鼠疫、流行性出血热、钩端螺旋体病、鼠型斑疹伤寒、土拉菌病、沙门氏菌肠炎、蜱传回归热、假结核、森林脑炎、狂犬病、恙虫病、Q热、黑热病、血吸虫病和旋毛虫病等。据统计，有史以来，全世界由于鼠传疾病死亡的人数，远远超过直接死于战争者。
2、对农、牧、林业的危害
据统计，全世界鼠类对农业造成的损失，相当于25个最贫因国家的国民生产总值之和，可养活两三亿人口。一般而言，农田鼠害可使粮食减产5%左右。我国每年农田受害面积达数亿亩。牧场鼠害主要是破坏草场，影星牧草产量和质量，甚至使牧场退化。我国每年受害的牧场也有数亿亩。林区鼠害一是盗食树籽，一是啃食幼树的树皮，影响出苗率和成活率。我国每年受害林区面积达数百万亩之多。
3、对工交业的危害
啮齿动物对工交业的危害，主要是破坏供电和通讯，造成事故。我国曾有过工厂停电事故，一次即损失1500万元之多。造成数万至数十万元损失的事故更多，我国还曾有鼠害影响轮船和飞机正常航行的记载，在火车上则常有骚扰旅客事例。
4、其他危害
家鼠危害以传病为主，但盗食粮食和骚扰也不可忽视。在农村，每年每户被糟蹋的粮食有时达100～150kg。 在宾馆、医院等外的鼠害，有时可造成恶劣的影响。