实践中一个常见的现象是：劳动者在工作期间较少对用人单位的种种做法明确提出异议，但一旦离职，则往往与用人单位“算总账”。这笔帐里，一般都包含着加班工资部分。由于我国对劳动报酬实行特殊的时效计算制度，若用人单位对加班工资纠纷没有有效的预防措施，往往在诉讼中处于被动，承担败诉的不利后果。下面就从劳动合同法及其相关规定出发，探讨用人单位在实务中如何来控制加班工资的问题。
第一，杜绝无效加班
华为公司的做法就可视为一个好例子。华为没有硬性的加班制度，但以前工时会计入绩效考核，工时多，领导会认为该员工更认同企业文化，劳动态度好。不过从2006年下半年开始，工时问题完全不计入绩效考核，领导不提倡加班，加班都必须要有对应的各时间段工作日志说明到底干了什么，质量部门会对工作日志进行审计，特别是杜绝无效加班。
在加班问题日益受到社会关注，劳动监察部门加大对加班工资支付的监察力度的背景下，华为的做法值得众多公司学习。与其付出高额的加班成本延长员工的工作时间，不如想办法提高员工的工作效率。
如何提高员工的工作效率？
第二，建立加班通知、申请、统计、确认制度
第三，考勤制度、劳动纪律应与加班制度相呼应
第四，合理确定加班费的计算基数
第五，正确运用特殊工时制度
第六，工资单上明确加班工资
综上所述，企业加班费最主要的管理办法是针对加班的一个制度来进行有效的调整，科学规范化的管理才会更好。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十条用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：
（一）元旦；
（二）春节；
（三）国际劳动节；
（四）国庆节；
（五）法律、法规规定的其他休假节日。
第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。即平时晚上的加班费是本人工资的150%，双休日是200%，国家法定休假日是300%。但这只是国家规定的比例，加班费发放额的关键是工资基数。
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