对于不同的作物以及不同的土壤环境，从而选择不同的肥料类型。生物菌肥和生物菌肥一般可用于有机栽培。
以下是他们之间的区别
生物菌肥
（GB 20287-2006）-行业标准
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
有机肥料
（NY-525-2012）-行业标准
指主要是来源于植物和（或）动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物营养，提高作物品质。适用于以 畜禽粪便、动植物残体和以动植物产品为原料，并经发酵腐熟后制成的有机肥料。
生物有机肥
（NY-884-2012）-行业标准
指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
如果说效果的话生物有机肥优于普通商品有机肥
有机肥
专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等）为原材料，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY 525-2012）及法规的一类肥料。
有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工之后，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
生物菌肥
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
分类
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
优势
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
提高作物产量
改善作物品质
增强作物抗逆性
提高化肥利用率