需要借助第三方软件，来实现字幕压进mkv格式的文件里。
MKV不是一种压缩格式，而是Matroska的一种媒体文件，Matroska是一种新的多媒体封装格式，也称多媒体容器 (Multimedia Container)。它可将多种不同编码的视频及16条以上不同格式的音频和不同语言的字幕流封装到一个Matroska Media文件当中。MKV最大的特点就是能容纳多种不同类型编码的视频、音频及字幕流。
一、这方面的软件有很多，推荐软件如：
1）国外软件。Mkvmerge是一套功能强大的mkv(Matroska) 格式制作和处理的软件，支持任何视频、音频、字幕等格式封装合并成mkv格式。包含了一个图形界面程序mmg.exe，这样使得制作mkv更简单和直观。
2）国内软件。狸窝全能视频转换器。
二、以狸窝全能视频转换器为例，详细步骤如下；
打开mkv字幕嵌入软件（狸窝全能转换器），选择初始界面左上方的“添加视频”，将准备好的MKV电影文件“打开”导入进来。这里以电影007大破量子危机.mkv为实例演示。
2. 添加的文件显示在软件列表区中，左下方有一个添加字幕的功能按键，如下图，目前为“停用字幕”无字幕状态，双击MKV视频文件可以在右边的预览窗口中播放视频，此时播放的视频是无字幕的。
3. 点击“停用字幕”按键的下拉选项，选择“添加字幕”，浏览打开准备好的独立字幕文件，字幕格式可以是ass、ssa、srt等。如下图所示，添加了一个srt字幕，然后再播放预览视频，就能看到视频中出现的字幕文字了。
4. 添加好字幕后，接下来设置“预置方案”，就是选择输出格式，可以按原格式MKV输出，当然按你的需要也可以选择其它任意视频格式做为输出格式。还有设置“输出目录”。最后，点击右下方的圆形“转换”按键，就可以开始转换导出了。
5. 最后，显示界面如下图所示，任务完成！“打开目录”可以找到mkv电影嵌入字幕的文件了。
2接着下载MKVToolnix_6.8.0打开，32系统位打开32位的，64位系统打开64位的
3打开之后添加文件
4添加电影
5添加字幕文件
6设置输出文件名和存放路径
7开始合并
8合并完成退出
9再次打开电影，发现有字幕了
具体见材料：http://jingyan.baidu.com/article/d3b74d64cb590b1f77e60923.html
mkvtoolnix
可以合并字幕、添加删除音轨等！本回答被提问者采纳