转录组RNA-Seq上游分析2020

Question

如题所述

Answer 1

本文提供了一套详尽且可操作的RNA-Seq上游分析教程，从环境配置到数据处理的各个环节都有详细步骤。首先，通过conda安装Miniconda3，确保正确设置镜像源和环境。创建python2环境，并学会使用conda安装和管理软件。对于FastQ质量评估，推荐使用FastQC，它支持多种文件格式并能进行多线程操作。FastQC用于检测序列格式和质量，是数据质量检查的关键工具。

随后，利用trim_galore进行数据预处理，其主要功能包括去除低质量碱基和接头adapter。在比对阶段，hisat2是RNA-seq的理想选择，它处理跨区域read的能力优于其他工具。选择合适的参考基因组和gtf文件对结果至关重要，一般推荐primary_assembly版本以避免冗余信息。构建索引和执行比对时，可能需要结合gtf中的exon和split site信息。

在处理得到的SAM文件时，使用samtools进行排序和转为BAM格式。对于计数，featureCounts是重要工具，它允许根据不同的feature或meta-feature进行统计，需要注意的是，对于RNA-seq，推荐处理多重overlap的方式。最后，文章作者还提供了微信讨论群和公众号资源，以便于持续交流和获取更新内容。