交53079元。根据年薪40万的情况，每月工资约为33333元（400000除以12个月）。在税率为25%的情况下，应缴纳税款为28333元（33333乘以25%）。然后再减去速算扣除数2660元，实际应缴纳的税款为25673元（28333减去2660）。
这是每个月的税款金额，而一年有12个月，所以总的税款金额为308076元（25673乘以12个月）。
综上所述，年薪40万的情况下，需要缴纳53079元的税款（308076除以12个月）。
法律依据：《中华人民共和国企业所得税法》第三条 ，个人所得税的税率：
一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五。
二、个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率。
三、稿酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十，并按应纳税额减征百分之三十。
四、劳务报酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十。对劳务报酬所得一次收入畸高的，可以实行加成征收，具体办法由国务院规定。
五、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
核算薪酬的会计分录怎么做？
（一）工资、奖金、津贴、补贴：
1、月末计提时：
借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用、 研发支出、 在建工程等，
贷：应付职工薪酬——应付工资、奖金、津贴、补贴。
2、实际发放时：
借：应付职工薪酬——应付工资、奖金、津贴、补贴，
贷：银行存旅桐此款、库存现金等，
其他应收款、应交税费——应交个人所得税（代扣代缴个人所得税）。
（二）职工福利费：
1、计提时：
借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用，
贷：应付职工薪酬——职工福利费。
2、实际发放时：
借：应付职工薪酬——职工福利费，
贷：银行存款、库存现金等。