机关基层党组织工作应当遵循的原则有：坚持和加强党的全面领导；坚持党要管党、全面从严治党；坚持围绕中心、建设队伍、服务群众；坚持以上率下；坚持继承和创新相结合，增强机关党建工作实效等。
1、坚持和加强党的全面领导
旗帜鲜明讲政治，把政治标准、政治要求贯彻到工作全过程和事业发展各方面。坚持党的领导与政治属性是机关基层党组织建设的首要原则，它不仅关乎机关基层党组织建设的整体方向，也深刻影响甚至决定机关基层党组织建设的整体效果。
2、坚持党要管党、全面从严治党
抓住“关键少数”、管好“绝大多数”，始终保持党的先进性和纯洁性。贯彻落实全面从严治党是机关基层党组织建设的内在要求与重要原则，也是机关基层党组织保持先进性与纯洁性的重要保证。
3、坚持围绕中心、建设队伍、服务群众
推动党建工作与业务工作深度融合、相互促进。
4、坚持以上率下
发挥领导机关和领导干部示范引领作用。领导机关和领导干部在机关党组织中处于核心地位和关键作用，抓住领导机关和领导干部就抓住了机关基层党组织建设的“牛鼻子”。因此，推进机关基层党组织建设要充分发挥领导机关和领导干部的示范引领作用。
5、坚持继承和创新相结合，增强机关党建工作实效
继承与创新是机关党建工作发展的两个基本向度。推进新时代机关党建，不断增强机关党建工作的实效性，需要总结凝练党在革命、建设、改革不同时期加强机关党建的成功经验，并不断创新，融入工作的方方面面。
党的建设基本论述：
中国共产党要领导全国各族人民实现社会主义现代化的宏伟目标，必须紧密围绕党的基本路线，加强党的执政能力建设、先进性和纯洁性建设，以改革创新精神全面推进党的建设新的伟大工程，整体推进党的思想建设、组织建设、作风建设、反腐倡廉建设、制度建设，全面提高党的建设科学化水平。
坚持立党为公、执政为民，坚持党要管党、从严治党，发扬党的优良传统和作风，不断提高党的领导水平和执政水平，提高拒腐防变和抵御风险的能力，不断增强党的阶级基础和扩大党的群众基础，不断提高党的创造力、凝聚力、战斗力，建设学习型、服务型、创新型。