根据规定，谈话函询程序可以概括为四个阶段：报批方案、组织实施、报批情况和处置意见、办结存档。
报批方案。拟对问题线索采取谈话或函询方式处置后，应当拟订谈话函询方案和相关工作预案，按程序报批。根据规定，谈话函询下一级党委（党组）主要负责人的，应当报纪检机关主要负责人批准，必要时向同级党委主要负责人报告。对于拟订谈话函询方案和相关工作预案，笔者认为，谈话需要制定相关工作预案，函询一般情况下则不需要。
组织实施。一是谈话的实施。《工作规则》规定，谈话主体有三类：纪检机关相关负责人、承办部门主要负责人、被谈话人所在党委（党组）主要负责人。纪检机关相关负责人或承办部门主要负责人进行谈话时，可由被谈话人所在党委（党组）或者纪委（纪检组）主要负责人陪同。谈话过程应当形成工作记录，委托被谈话人所在党委（党组）主要负责人进行谈话时，鉴于被谈话人所在党委（党组）主要负责人是受委托进行谈话，笔者认为原则上谈话记录应交由委托部门完成。二是函询的实施。函询的实施程序相对简单，即以纪检机关办公厅名义给被反映人发函，并抄送其所在党委（党组）主要负责人；被函询人自收到函件后15个工作日内写出说明材料，经其所在党委（党组）主要负责人签署意见后发函回复。《工作规则》还规定了直接回复发函纪检机关的两种情形。值得注意的是，所在党委（党组）主要负责人的“签署意见”与“审阅签字”侧重点似有不同，“签署意见”应隐含具体意见的要求，“审阅签字”只是形式上的要求。为促进函询工作的规范化，建议地方纪委可结合自身实际对函询工作作进一步规范，制作函询的相关文书格式供当地参照执行。
报告处理。谈话结束或收到被函询人书面说明后，30日内需对谈话函询情况进行报告，并提出处置意见报批。《工作规则》第二十一条根据不同情形规定了三类处理方式：一是对反映不实，或者没有证据证明存在问题的，予以了结澄清；二是问题轻微，不需要追究党纪责任的，采取谈话提醒、批评教育、责令检查、诫勉谈话等方式处理；三是反映问题比较具体，但被反映人予以否认，或者说明存在明显问题的，应当再次谈话函询或者进行初步核实。对于第一类处理方式，根据日前中央纪委的有关通知要求，应将函询了结的结果发函向被函询人予以反馈，此应视为了结后澄清的一种方式。对于第二种处理方式，在采取谈话提醒等方式处理后，应在报告相关情况的同时，对问题线索报批了结。对于第三种处理方式，结合谈话函询适用的情况，再次谈话函询还是进行初步核实，可根据反映问题线索具体情况、谈话函询情况、被反映人的情况等因素综合考虑。
办结存档。一是时限的计算。谈话结束或收到被函询人书面说明后，承办部门应在30日内办结。承办部门的谈话函询情况报告和处置意见，按审批权限，经相关领导批准后，即应视为办结。其中采取谈话提醒等方式处理，谈话提醒等的时间应计入其中，以领导批准线索了结意见的时间为宜；采取再次谈话函询或初步核实方式处理，再次谈话函询或初步核实的时间不计入，而是根据谈话函询或初步核实的规定重新开始计算。二是办结后的存档。谈话函询材料应当存入个人廉政档案，根据目前通常做法，个人廉政档案由承办部门管理。根据《工作规则》第十七条及档案管理的相关要求，线索处置后应将相关材料整理归档，即移交单位档案部门。从保管的专业性、规范性来看，建议谈话函询材料的原件整理归档，由档案部门管理，同时留复印件存个人廉政档案，由承办部门管理。
谈话函询的效果
为避免谈话函询走形式，单纯成为消化问题线索的一种方式，对谈话函询绝不能“一谈即了”、“一函即了”，必须严格执行《工作规则》，区分不同情形采用不同方式处理，真正发挥谈话函询“红脸出汗”作用。目前，纪检机关正在探索建立相关配套制度，如将年度谈话函询情况向所在党委（党组）主要负责人通报，要求被谈话函询对象在班子民主生活会上，就函询反映问题向班子其他成员作情况说明，接受班子其他成员的监督，对于存在问题的，需作深刻检讨。
此外，还应进一步加大对谈话函询的核查力度，可借鉴领导干部个人有关事项报告的核查办法，确定一定核查比例，轮流抽查。对经查证未作如实说明的，按照规定严肃处理，发挥谈话函询的震慑作用。