根据上述职责，自治区国土资源厅设15个内设机构。
（一）办公室。
负责文电、综合会务、接待、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访和新闻宣传工作；承担机关财务、资产管理、综合业务与协调处理等工作；统筹协调厅信息化和政务公开工作；牵头负责国土资源有关行政审批事项。
（二）行政审批办公室
负责国土资源有关行政审批事项；负责政务服务及依申请政府信息公开事项的办理；负责落实首问负责制、限时办结制和责任追究制等制度；负责行政审批事项的有关综合统计分析；参与行政审批事项有关的信访、复查复核；负责自治区政务服务中心国土资源厅窗口行政审批事项受理、咨询、初审、收费、制发文（证）件工作；负责指导市、县做好国土资源行政审批相关工作。
（三）政策法规处。
承担与国土资源有关的地方性法规、规章、规范性文件草案的起草、修改和审核工作；组织协调机关有关立法的具体工作；组织有关法律法规的宣传教育；办理有关听证、行政复议、应诉等事宜；调研和起草全区有关土地资源、矿产资源的综合性政策建议；承担征地补偿安置争议调处有关工作。
（四）调控和监测处。
开展国土资源经济形势分析，研究提出全区国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全区经济运行及相关改革研究；组织国土资源重大课题调研，承担综合统计和厅内专业统计归口管理工作；协调和组织厅内有关综合研究工作；负责厅预算内重大项目的综合监管和稽查。
（五）规划科技处。
组织研究全区和重点地区国土综合开发整治的政策措施，编制实施全区性及区域性的国土、土地利用、矿产资源、地质环境、海洋等综合规划和其他专项规划；负责土地年度利用计划的编制和管理；依法指导和审核国土资源相关规划；负责建设项目用地预审；参与报自治区人民政府或国务院审批的城市总体规划的审核工作；组织编制资源调查评价、勘查专项规划；编制国土资源科技发展规划，对重大科技项目的实施情况进行管理、监督、检查；组织实施本行业科技项目的对外合作与交流。
（六）财务处。
承担国土资源有偿使用的工作，参与管理土地、矿产等资源性资产和国家出资形成的矿业权权益的有关工作。依法承担国土资源专项收入征收管理相关工作；承担有关专项资金、基金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付和内部审计有关工作；贯彻执行国家和自治区有关财经方针政策和财务会计制度，拟订有关财务、资产管理制度，承担所属单位财务及国有资产监督管理工作。
（七）耕地保护处。
承担基本农田保护、农用地转用、土地征收征用和土地整理、复垦、开发管理工作；承担耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；承办报国务院和自治区人民政府审批的用地事项的审核工作；负责全区征地批后实施的监督管理工作。
（八）地籍管理处。
拟订全区地籍管理办法；拟订土地确权、登记、争议调处办法并监督指导工作，调处重大土地权属争议；承担各类土地登记资料的整理、共享和汇交管理；依据土地调查、监测、统计的规程、规范、标准，组织开展全区土地资源调查、动态监测、变更调查及土地统计工作；指导市、县地籍工作。
（九）土地利用管理处。
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；负责全区建设用地使用权划拨、出让、租赁、作价出资（入股）、转让、抵押、交易、政府收购、储备和全区建设用地供应管理工作；拟订并实施全区土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理办法；承担节约集约用地评价、土地分等定级、土地市场和地价实施动态监测工作，组织实施土地开发利用标准、基准地价、标定地价等地价制度；执行国家土地估价管理办法和行业技术规范；负责对土地估价行业自律组织和土地估价机构、人员进行监管；承担改制企业国有资产的处置工作。
（十）地质勘查处。
组织矿产资源、海洋资源调查评价和勘查，实施国家矿产资源储量管理办法、标准、规程；编制全区地质勘查规划并监督检查执行情况；拟订全区矿产资源储量管理办法，管理矿产资源储量评审、登记、统计；管理国家和自治区级地质勘查项目，组织实施自治区重大地质勘查专项；管理地质勘查行业，管理地质勘查资质；实施矿山储量动态监督管理；承担矿产资源补偿费征收、矿产地储备、建设项目压覆重要矿产资源管理的事项；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作；指导和监督探矿权审批登记发证的相关工作，编制实施探矿权设置方案；管理探矿权市场；监管矿产资源勘查活动；组织矿产资源供需形势分析。调处重大探矿权权属纠纷。
（十一）矿产开发管理处。
承担采矿权审批登记发证的管理工作；组织划定全区规划矿区，编制实施采矿权设置方案；承担矿产资源保护和保护性开采特定矿种的管理事项，下达开采总量控制指标；管理采矿权市场；监管矿产资源的开采活动；调处重大采矿权权属纠纷；承担采矿权使用费、价款的征收和使用管理有关工作。
（十二）地质环境处。
组织协调和监督地质灾害防治工作；承担监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作；依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏；负责地热、矿泉水资源调查评价和开发利用的监督管理。
（十三）执法监察局。
组织开展对国家土地资源、矿产资源、海洋资源法律法规执行情况进行监督检查；拟订全区土地、矿产执法监督和违法案件查处规定；受理群众对土地、矿产违法行为的举报；组织开展对土地、矿产规划的执行情况以及土地征收、征用，农地转用，土地资产处置，建设用地供应，土地、矿产资源的开发、利用与保护，土地、矿产和海洋资源的登记发证，土地、矿产资源市场的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产违法案件。
（十四）人事处。
承办机关及直属单位的机构编制和人事管理事项；负责地级市国土资源主管部门领导干部考核、任免及管理的具体工作，负责地级市国土资源局中层干部和县级国土资源局局长任免的备案管理；负责编制职工培训规划、计划，组织职工培训；负责本系统职称管理；负责机关及直属单位的外事工作。
（十五）对外合作处。
组织拟订和实施自治区国土资源对外合作发展战略、规划、计划和政策；组织实施本行业科技项目的对外合作与交流；负责机关及直属单位的外事工作。
机关党委 负责机关及在邕直属单位的党群工作。
离退休人员工作处 负责机关离退休人员工作；指导直属单位的离退休人员工作。
