1998年，顺义区辖2个街道、12个镇、7个地区，428个村、27个居委会：光明街道、胜利街道；张镇镇、大孙各庄镇、北务镇、李遂镇、木林镇、南彩镇、北小营镇、李桥镇、高丽营镇、赵全营镇、北石槽镇、龙湾屯镇；仁和地区、马坡地区、南法信地区、天竺地区、后沙峪地区、牛山地区、杨镇地区。
1999年，在马坡地区办事处设立马坡镇，实行“两块牌子，一套人马”。2000年，在仁和、杨镇、天竺、后沙峪、南法信、牛山地区办事处设立建制镇，实行“一套人马，两块牌子”，同时将牛山镇（地区办事处）更名为牛栏山镇（地区办事处）。 2000年，顺义区辖2个街道、7个地区（同时设立建制镇）和12个镇。
2001年11月13日，京民划函[2001]475号批准同意顺义区在区政府驻地中心地区设立石园街道，同时调整胜利、光明街道辖区范围。2005年3月8日，石园街道办事处正式成立。2005年，顺义区辖3个街道、7个地区（同时设立建制镇）和12个镇。
2007年，北京市政府正式批准同意顺义区在城市化进程较快地区设立空港、旺泉、双丰三个街道办事处，管辖区域分别为空港地区、北京汽车生产基地周边地区、顺义新城中心区及奥运场馆周边地区。2008年6月25日，旺泉街道、双丰街道、空港街道三个街道办事处正式挂牌成立。 至此，顺义区形成6个街道、7个地区和12个镇的格局。
6个街道：光明街道、胜利街道、石园街道、双丰街道、旺泉街道、空港街道；7个地区（同时设立建制镇）：仁和地区（镇）、后沙峪地区（镇）、天竺地区（镇）、杨镇地区（镇）、牛栏山地区（镇）、南法信地区（镇）、马坡地区（镇）；12个镇：张镇、大孙各庄镇、北务镇、李遂镇、木林镇、南彩镇、北小营镇、李桥镇、高丽营镇、赵全营镇、北石槽镇、龙湾屯镇。共有91个居民委员会、426个村民委员会。
