区别如下：
1.肌肉注射是一种常用的药物注射治疗方法，指将药液通过注射器注入肌肉组织内，达到治病的目的。不是什么情况下都能进行肌肉注射的，如在注射部位有硬结、感染时就不宜做肌肉注射治疗。肌肉注射主要适用于：不宜或不能做静脉注射，要求比皮下注射更迅速发生疗效时，以及注射刺激性较强或药量较大的药物时。 在进行肌内注射之前要做相关的准备工作。包括注射部分的定位和相关药品、器材的准备。
2.皮下注射(读音pí xià zhù shè)是指将药液注入皮下组织。常用注射部位为上臂及股外侧。如胰岛素口服在胃肠道内易被消化酶破坏，失去作用，而皮下注射迅速被吸收。
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1.肌肉注射操作程序：用2%碘酒和70%乙醇或单独用3%络合碘消毒皮肤，待干。排抽取药物之注射器内空气。用左手拇指和食指分开皮肤，右手持针如握笔姿势，以中指固定针栓。针头和注射部位程mp，快速刺入肌肉内，一般进针约2.5~3cm（针头的2/3，消瘦者及病儿酌减）。松开左手，抽动活塞，如无回血，固定针头，注入药物。注射毕，以干棉签按压进针处，同时快速拔针。
2.皮下注射操作方法：选择注射部位,用2%碘酊和70%酒精进行皮肤消毒，待干。将药液吸入注射器，排尽空气，左手绷紧皮肤，右手持注射器，食指固定针栓，针头斜面向上和皮肤呈30度到40度角，过瘦者可捏起注射部位，迅速刺入针头的三分之二，放开左手固定针栓，抽吸无回血，即可推注药液。注射完毕，用消毒棉签轻按针刺处，快速拔针，清理用物。
皮下注射，是把药液注射到皮下组织内， 肌肉注射，一般的药物，除须要求吸收很快的，或者，要求这个药物不能很快吸收的，因为很快吸收会产生不良影响的，一般都肌肉注射，静脉注射是直接将药物注入静脉血管内，起效迅速，操作较肌注要求严格，危险性相对较大，常用于急重病人，以求迅速发挥疗效。
皮下注射，是把药液注射到皮下组织内，像预防接种就是皮下注射。
肌肉注射部位有臀大肌，也就是我们通常说的屁股针，有臀中肌，臀小肌，还有股外侧肌注射，上臂三角肌注射。
每一种都起有特定选取部位，而不是说，是屁股针，就是屁股任何地方都可以打，它的定位是以避开大血管和神经为原则。
这几种注射方法都有其不同的目的，和注射手法。
皮内注射，是注射角度最小的，肌肉注射，一般是垂直进针。
再说肌肉注射、皮下注射、皮内注射。
人的组织，依次从外往里说是，表皮、真皮、皮下组织、肌肉。
皮内注射是把药液打入表皮和真皮之间，像青霉素皮试，是皮内针，这样吸收比较慢，就算过敏也会及时发现。
皮下注射，是把药液注射到皮下组织内，像预防接种就是皮下注射。
肌肉注射，除了以上皮试，接种，一般的药物，除须要求吸收很快的，或者，我们要求这个药物不能很快吸收的，因为很快吸收会产生不良影响的，一般都肌肉注射。
肌肉注射，肌肉注射部位有臀大肌，也就是我们通常说的屁股针，有臀中肌，臀小肌，（一般小孩打这个地方，因为他的臀大肌还没有发育完善，以防损伤坐骨神经），还有股外侧肌注射，上臂三角肌注射。