一、形式不同
农民专业合作社：农民专业合作社的经营形式为农业现代规模。
公司制企业：公司制企业的经营形式为有限责任公司和股份有限公司。
二、组织构成不同
农民专业合作社：主要以农民作为经济主体，农民至少占成员总人数的百分之八十。
公司制企业：主要以法定人数以上的投资者(或股东）构成。
三、管理模式不同
农民专业合作社：实行入社自愿，退社自由，民主选举，民主决策等原则，建构了新的经营管理体制。
公司制企业：所有权主体和经营权主体分离，日常的生产经营活动和理财活动由经营者进行决策。
四、法规不同
农民专业合作社：遵循的法规为《中华人民共和国农民专业合作社法》。
公司制企业：遵循的法规为《独资企业法》。
参考资料来源：百度百科-公司制企业
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