合并与母公司的区别如下：
1、作用不同
合并主要是用来存钱、取钱、转账的公司账户；
而母公司用来办理包括提现和发放员工工资福利等在内一切符合法律法规的结算，而一般存款账户只能办理一般的结算业务，不能提取现金和发放员工工资福利。
2、性质不同
合并可办理转账结算和现金缴存，不可以办理现金支取。
母公司可以随时存入或取出资金，但是取出资金必须通过公司转账支票转入公司基本账户中，然后再通过公司现金支票支取。
3、包括的范围不同
合并包括：行政管理和技术人员，材料采购、保管和驾驶各种机械、车辆的人员，材料到达工地仓库前的搬运装卸工人，专职工会人员、医务人员以及其他由施工管理费或营业外支出开支的人员的工资。
而母公司包含：个人从事设计、装潢代办服务以及其他劳务取得的所得。
4、开发票时填写的信息不同
销售方需要在合并的“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的统一社会信用代码。购买方为企业的凭证，索取合并时，应向销售方提供统一社会信用代码。
而销售方为其提供母公司时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号，不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
母公司是具有唯一性的，只要税务发票系统里面查到了这家企业的发票代码不同，就可以查询到这家企业的进销项发票情况，也就可以知道企业是否虚开发票了。
5、核心要点不同
合并给企业带来新的机会，也可能带来新的难题，如新的法律、新的政策的实施，对企业营销可能产生有利或不利的影响，掌握环境的发展趋势是企业制定战略计划的重要前提。
而母公司避免和声誉较高的名牌商品展开正面竞争。名牌商品都处于高度的商品保护地位。
参考资料来源：百度百科-合并
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