应天书院的历史可以追溯到五代后晋时期，由商丘人杨悫创立。当时，学子们不远千里而来，纷纷投奔，吸引了众多学者。北宋建立后，朝廷实施科举制度，应天书院因其人才济济，涌现了大量科举中第的学子，约有五十到六十人。为了纪念宋太祖赵匡胤在宋州（现商丘）的发迹，宋真宗将宋州改为应天府，并在1009年正式赐予“应天府书院”的名号。1014年，书院升格为南京，成为陪都的重要教育机构。
在晏殊、范仲淹等知名人士的支持下，应天书院进一步发展。范仲淹曾在此任教，撰写了《南京书院提名记》，书院成为中州重要的学术中心，据《宋史》记载，应天府书院的兴盛开启了五代以来全国教育的复兴。在宋仁宗时期，书院被改为南京国子监，地位相当于现在的社会科学院。
应天书院在明正德六年迁至现址，拥有大成殿、明伦堂等建筑，其中大成殿供奉孔子及其弟子，明伦堂则是学习场所，均为歇山式建筑。然而，历经战乱，应天书院在宋钦宗时期被毁。明朝嘉靖年间，蔡瑷以社学形式重建，但最终未能逃脱张居正万历七年下令拆毁书院的命运。直到清乾隆十三年，陈锡格知府重修，但不久又被废止。2007年，应天书院的修复工程被列为河南省和商丘市的重点项目，总投资1920万元，占地52亩，由河南大学古建筑研究院设计，布局严谨，展示了其昔日的辉煌。
在岳麓山东面山下，为我国古代四大书院之冠。岳麓书院是中国历史文化名城长沙市的一颗璀璨明珠，创建于宋太祖开宝九年（公元976年）。它历经千载，瀚墨流香，弦歌不绝，办学不已，故有“千年学府”的美称。1956年，湖南省人民政府将它列为湖南省重点文物保护单位，1988年1月13日中华人民共和国国务院明文公布，岳麓书院为全国重点文物保护单位。