东宁县农业局设有多个内设机构，分工明确，各司其职：
人事行政办公室：负责机关人事、编制、劳动工资、离退休管理等，组织年度考核和专业技术人员培训，负责文电、档案、安全等工作，监督国库支付和资产管理，会计核算，专项资金管理和审计监督，以及农业系统目标管理。
农业区化办公室：拟定农业发展战略和政策，编制中长期发展规划，负责农业固定资产投资，组织项目规划和实施，开发区域农业资源，调查评价环境，负责农产品出口园区建设和农业领导小组日常工作。
生产办公室：制定种植业政策，指导生产结构调整，落实良种补贴，监测发布农业灾情，组织救灾物资储备，负责种子管理、植物检疫、耕地保护，推动科技创新和农业资源保护，负责农用地管理和外来物种工作，发布农情信息，承担农业和农村经济体系建设。
对外经济合作与劳动力转移办公室：负责外向农业指导，组织农业对外开放，负责涉外农产品贸易、国际交流与合作，农村劳动力转移培训，劳务对接，以及农村经济和劳动力转移领导小组日常工作。
扶贫开发、绿色产业办公室：负责农村贫困地区扶贫开发规划，组织项目管理，监督扶贫资金使用，培训干部和农民，监测贫困状况，推进农产品质量安全管理，绿色食品开发和市场监督。