区别如下：
福建省统计局是正厅行政；国家统计局福建调查总队是正厅事业。
福建省局对上——国家局和对下——省政府负责；国家统计局福建调查总队只对上——国家局负责，是国家局下属的事业单位。
福建省局在华林路；国家统计局附件调查总队总部设置在省局1-2楼。
国家统计局福建调查总队是国家统计局的派出机构，为正厅级事业单位。国家统计局福建调查总队既是政府统计调查机构，也是统计执法机构，依法独立行使统计调查、统计监督的职权，独立向国家统计局上报调查结果，并对上报的调查资料的真实性负责。同时，承担地方政府委托的各项统计调查任务。