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一、区别：
1、灵活就业人员医保的待遇高于城镇居民医保待遇。城镇居民医保是基本医疗保险和灵活就业人员医疗保险所未覆盖的人群，是属于补充险种。缴费底，报销少（主要针对小孩，老人等）
2、灵活就业人员的特殊疾病种类少。没得个帐户（医保卡只是身份的识别）。基本医疗保险设有个人帐户，每月个人缴的费用（不含大额）和单位缴的费用按一定比例划入个人帐户，用于支付看病时的自付部分和购药
3、不退还，只要参保人员办理完手续，在指定银行指定帐户足额存款，并扣费成功，则视为对灵活就业人员医疗保险政策的认同。不论待遇等待期过否，都不退还。因为该费用已进入医保基金，医保基金只能用于参保人员的待遇支付。参保人员缴费后（除待遇等待期）都是医保的保障期，保障期内产生的医疗费用，按相关规定享受相应待遇
4、两者不能同时享受，同属社会保障险，只能享受一种