由于内部食堂不对外经营，不收费，仅对职工开放，属于福利性质，所有开支应在福利费中列支，所以食堂采购农产品取得的可抵扣发票是不允许进行抵扣的，食堂用具采购的进项税额也是一样不允许抵扣的。
依据：
据《中华人民共和国增值税暂行条例》 第十条：下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
(一)用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务;
(二)非正常损失的购进货物及相关的应税劳务;
(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务;
(四)国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品;
(五)本条第(一)项至第(四)项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
另外：
1、营改增之后，增值税一般纳税人企业，用于员工福利支出，即便是取得了增值税专用发票，也不能凭票抵扣增值税；
2、如果企业把外购的货物用于职工福利，其购进货物的进项税额不得抵扣，要做进项税额转出；
3、如企业把自己生产的产品用于职工福利，要视同销售，计算销项税额。来自：求助得到的回答
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