华南理工大学木工程系最好，华南理工大学的土木工程是省部级重点学科，在广东省内还是不错的。整个广东省都没有土木工程国家重点学科，可以说华南理工大学的土木工程是省内一流的。
评价华南理工大学的方面有师资力量、获得的荣誉、教学专业等。具体如下：
1、师资力量：
本科生教育，截至2022年9月，有专任教师1976人，其中具有高级职称的教师1623人，“双师型”教师290任，另有外聘教师325人。研究生教育，截至2022年9月，有研究生导师（含兼职一导）共计1787人，其中博士生导师（兼硕士生导师）1094人，硕士生导师693人。
导师队伍中，中国科学院院士有4人，中国工程院院士有9人。聘期内兼职第一研究生导致205人，属于中国科学院院士的有3个人、属于中国工程院院士的有9个人、属于外籍院士的有1个人。
2、获得的荣誉：
2017年10月30日，广东省人民政府印发《关于颁发广东省第七届哲学社会科学优秀成果奖的通报》。华南理工大学共有20项成果获奖，其中一等奖5项，二等奖10项，三等奖5项，获奖总数较上届增加4项，再次创下历史新高。
2018年10月30日，广东金融学会公布第十届优秀金融科研成果奖，华工9项（其中著作类一等奖1项、二等奖1项，论文类一等奖1项、三等奖6项）成果入选。
3、教学专业：
轻工技术与工程、建筑学、食品科学与工程、化学工程与技术、环境科学与工程、材料科学与工程、机械工程、管理科学与工程等学科整体水平进入全国前10%；12个学科领域进入ESI全球排名前1%，化学、农业科学、计算机科学5个学科领域跻身全球排名前1‰。
学校以雄厚的原始科研创新能力推动一流大学建设，建有28个国家级科研平台、217个部省级科研平台、广东高校首位。发明专利申请公开量、发明专利授权量、有效发明专利拥有量稳居全国高校前列，2009年以来以第一专利权人获中国专利奖数量排名全国高校第一。
