1938年夏，林叔奉调回广东，参加驻顺德理滘的南（海）顺（德）工委领导班子。为了便于开展工作，他在这年冬天住到大革命时期的战友、西海农民陈九家中。在基层群众的鼎力协助下，他根据省委的组织材料，在大良、龙眼、新隆、劳村、西海路尾围等地，找到大革命后失去联系的共产党员，重新建立大良、龙眼和新隆支部，积极筹备开展敌后武装斗争。1939年春节前后，他通过大良北门蓬莱小学教员罗永基，在其叔父、国民党广东第一游击区第二支队某大队队长罗炳名下取得“特务中队”的番号，然后在路尾围和龙眼村物色了十多人，由南顺工委派来的老红军邓贵林充当指挥员，建立起共产党在顺德的第一支抗日武装队伍。不久，日寇第二次侵占大良，“特务中队”退守龙眼，改称“顺德人民抗日游击队”，两度出击大良，截击日寇军车，杀掉一名军曹。林叔就在这个时候接替奉调东江的南顺工委书记范志远的职务。同年9月，邓贵林闹分裂，与众涌土匪卢四斤另立队伍，林叔劝告无效，只好率队离开龙眼，移驻路围围。邓离队后，生活作风日益腐化堕落，最后死于内讧。
1940年1月，日寇第二次退出大良，林叔命令顺德游击队进城，与吴勤的广游二支队共同维持县城秩序。不久，日寇又从容奇杀到，两支游击队并肩作战后，随即撤出。3月中，顺德游击队由路尾围移驻禺南大石乡，以“俊杰社基干队”的名义开展抗日活动，队伍发展到二十多人。同年夏天，南顺工委撤销，中共南、番、中、顺中心县委在西海正式成立，统一领导珠江三角洲地方和部队的党组织。中心县委书记是罗范群，林叔和刘向东、陈翔南、严尚民、谢立全、谢斌当选为委员。为了创建一支由共产党绝对领导的抗日武装队伍，中心县委经过商议，决定以顺德游击队为基础，加上一批从中山、番禺抽调来的党员和进步青年，组成广游二支队独立第一中队。10月，中队在番禺石涌成立，全队五十多人，由林叔担任中队长，黄友涯任支部书记、黄柳言任指导员，长征干部谢立全、谢斌负责军事训练和指挥工作。年底，移驻西海，着手建设西海抗日根据地。 西海大捷后，独立第一中队又在1942年春节期间夜袭番禺韦涌伪军据点，歼敌九十馀人。接二连三的胜利，大大提高了独立第一中队的威望，一些统战武装如番禺沙湾的何成，榄核的杨忠，顺德五区的曾岳等，都主动向共产党游击队靠拢，请求派人帮助他们训练人员，以提高队伍战斗力。
共产党武装力量的发展壮大，引起国民党方面的猜忌，继皖南事变之后，又在全国各地发起第二次反共高潮。二支队也面临严峻考验，先是司令员吴勤被暗杀，接着，敌伪顽又默契联手，集结五千多兵力于林头、西海、广教一带，准备与共产党游击队决战。在这种情形下，林叔根据中共中央军委“在新形势下，我之斗争方针是坚持长期分散的游击战”的指示精神，决定主动撤离西海根据地，把人员分散到中山、禺南及南海、三水各地，去开辟新的游击队。上级党委批准了这一行动，命令在榄核成立南番顺游击区指挥部，委任林叔为司令员。此后，在他的领导下，建立起中山五桂山、番禺大谷围两个革命根据地，队伍继续发展壮大，为珠江三角洲游击区民主建政廓清道路，胜利捷报频传。仅番、顺方面，1944年3月，在广州市郊沥滘一举歼灭汉奸“八老虎”、“五豺狼”；5月，打新造，活捉伪区长冼尧甫；6月，攻市桥，夜袭李塱鸡老巢。继而，顺德分队在兄弟部队的配合下，乘胜回师，歼灭乌洲伪联防大队，活捉大队长胡须葵（梁葵），并分兵进驻一区旧寨和八区麦村。与此同时，中山、番禺、顺德各级民主政权开始建立。同年秋天，上级党委撤销南番顺游击区指挥部，成立广东中区游击纵队司令部，仍由林叔任司令员，抽调主力挺进粤中，与新会、鹤山、高明的兄弟部队会合，把该地区的敌后游击战推向高潮。
1945年初，广东人民抗日游击珠江纵队公开宣布成立。林叔从粤中调回，担任司令员。随后，挥师挺进西江，北上五岭，为迎接八路军南下支队扫清障碍。8月，日本无条件投降，林叔奉命率队北上山东烟台。解放战争时期，她他担任两广纵队副政委，与其他领导通知一齐率队南下，配合野战军解放华南。
