一、定义不同。
事业单位是利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化等社会服务组织，国企是国家出资国有独资企业，国有独资公司以及国有资本控股公司。
二、控制权不同。
事业单位是受政府领导，国有企业由国家对其资本拥有所有权或者控股权，政府决定了国有企业的行为，国有企业是国民经济的中坚力量。
三、性质不同。
1、事业单位是以公益服务为主要宗旨的公益性单位或非公益性职能部门等。宗旨主要是为社会服务。其人员的工资收入多来源为财政拨款。单位与职工签订聘用合同。
2、国企是属于全民所有制企业性质的企业，就是生产资料归全体人民共同所有的企业。
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