1998年6月30日，瑞贝卡.查姆博斯（rebecca chambers）以实地医护人员的身份加入s.t.a.r.s--bravo小组。
1998年7月9日警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队s.t.a.r.s进入山区。至7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为raccoon地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止s.t.a.r.s bravo小组和州警介入。
1998年7月22日，合众国海军特种部队少尉比利.科恩（billy coen）因被指控在一年前非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由arklay山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在arklay山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明
1998年7月22日为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱s.t.a.r.s.部队进入灾害地区。
1998年7月23日，马库斯博士的复仇计划开始，20点，他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经arklay山区的列车，成千上万的水蛭落在列车的玻璃上，瞬时冲碎玻璃，车内惨不忍睹。
2小时后，为了解决arklay山区的连续杀人事件，raccoon市警局特殊部队s.t.a.r.s.的bravo小队，乘坐直升机出动前往arklay山区进行调查。但是出发后没多久，bravo小队乘坐的飞机遭受不明武器的袭击坠落，并和拉昆市警局总部失去了联络。bravo小队成员:爱得华.杜威(edward dewey)26岁，直生机机师。 恩里克.马里尼(enrico marini)41岁，s.t.a.r.s副队长，bravo小队队长。 福特斯.斯拜尔(forest speyer)29岁，负债队中的物品整备工作。肯尼恩.j.苏利文(kenneth.j.sulllvan)45岁，负责队中的侦察和防守工作。理查德.艾肯(richard alken)23岁，负责无线电联络。在树林中，瑞贝卡.查姆博斯发现一辆被严重毁坏的宪兵车，车上宪兵死壮凄惨无比。比利已经逃走。恩里克命令就地搜索。在搜索中，瑞贝卡看到了那列被袭击的火车，决定进去调查。在列车里，瑞贝卡和比利相遇。介于情况不明并且十分危险,比利提出合作，瑞贝卡只得勉强答应。除了队长恩里克，其他人都已死亡。威斯克和威廉.帕肯在干部培训所指示delta team队员把列车开走并装毁它，列车一头撞向封闭的隧道。瑞贝卡和比利从列车里逃了出来，却发现这里是干部培训所。这时，马库斯通过监视器告诉威斯克和威廉.帕肯说要进行报复，威斯克和威廉.帕肯意识到安布雷拉将大势已去，脱离安布雷拉的时机已经成熟。两人商量着对策，威廉.帕肯说“t病毒”接近完成，剩下的就是“g病毒”的强化工作，而威斯克则要按原计划把s.t.a.r.s引到洋馆，于是两人离开了干部培训所。
瑞贝卡和比利在干部培训所里遇到重重困难，但在两人齐心协力下一一排除，其间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不象报告上所说的那样凶残，便问起比利是否真的杀了23个人。比利说那是在一次执行非洲内战的任务，他们在行进途中死伤惨重，由于情报的错误，到达目的地时，发现并没有敌人，付出了这么大的代价，为了有所交代，队长命令他向平民开枪，至于他有没有开枪，他却不愿说起。两人继续分头行动，瑞贝卡消灭掉一个暴君试作型，并和比利来到一个步满了水蛭的大房间。原来马库斯正在等着他们，马库斯说要把世界变得充满仇恨，两人经过默契的配合，最终彻底消灭了马库斯。在把干部培训所炸掉后，他们来到山崖边。在山涯下看到恩里克队长所说的汇合点，原来是个洋馆。瑞贝卡说不会在报告中提起比利，比利心理非常感激，两人在山涯上互相敬礼道别，瑞贝卡径向洋馆而去。bravo小队除瑞贝卡和恩里克队长外，爱得华.杜威确认死亡，其余3人也转移到洋馆。
7月24日s.t.a.r.s--bravo小队失去联络已达24小时，间谍wesker以支援bravo小队为由，率领alpha小队进入arklay山区计划通过alpha小队的实战收集各种b.o.w数据。 alpha小队成员：阿尔贝特.威斯克（albert wesker）38岁，s.t.a.r.s直接领导者，队长。巴瑞.博顿（barry burton） 38岁，武器专家。约瑟夫.佛特斯（joseph frost）负责对中的整备工作。克里斯.雷德菲尔德（chris redfield）25岁，原美国空军所属的王牌飞行员。吉尔.瓦伦蒂安（jill valentine），炸弹专家。布拉德.威克斯（brad vickersvalentine），35岁，负责队中的技术保障，兼直生机机师。
当alpha小队降落到地面展开调查之际，突然遭到两个感染病毒的实验用狗的攻击，约瑟夫.佛特斯不幸殉职，幸存队员进入arkray洋馆躲避，发现这是一个到处充满变异生物体的场所。之后，威斯克射杀了了解真相的bravo小队队长恩里克，并以巴瑞的妻女为要挟听令于他。克里斯在研究所内找到深受中重伤bravo小队成员理查德.艾肯，理查德为救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞贝卡所救。吉尔来到森林的小屋中，遇上了女性实验体，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的举动引起吉尔的怀疑，巴瑞要吉尔相信他，吉尔犹豫不决，这时女性实验体lisa苏醒向他们攻击，吉尔最终还是相信了巴瑞，两人共同对付女性实验体lisa，当那口棺材被打开后，女性实验体悲鸣着跳入山崖，结束了她凄凄又惨惨的一生。吉尔和巴瑞经过深入调查，来到实验室，看见威斯克正在操作电脑，巴瑞突然用枪指着吉尔，威斯克告诉吉尔巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉尔这才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起枪要解决掉吉尔，关键时刻还是巴瑞的正义感救了吉尔。威斯克马上操作电脑，一个巨大容器内的液体满满退去，一点一点的显出一个3米高的人型怪物。这是“tyrant（暴君）”完成体。皮肤灰白，肌肉强健，身型巨大，有锋利的巨爪，最显著的特征是它的心脏在外边。一切都在威斯克的预想中进行，他已经服用了威廉.帕肯给他的药物，只要让“tyrant”杀掉他，就可以给安布雷拉以死亡的假象，而他活过来时，就可以效忠安布雷拉的敌对公司h.c.f了。当tyrant从容器里出来时，威斯克所要做的就是被杀，没有比这更容易的了，成功前竟是这么的轻而易举，使他几乎兴奋着面对“死亡”。“tyrant”一爪子捅进了威斯克的体内，威斯克觉得真的很痛，不过没关系，他只要在地上睡一会就好了。而s.t.a.r.s成功毁灭“tyrant”，甚至炸毁研究所，却是威斯克万万没有想到的，这两样都是他献给新主人的礼物。因此他恨透了克里斯等人。“tyrant”干掉了威斯克，转而向巴瑞，巴瑞躲闪不及，被打晕，剩下吉尔了，她全力以赴与“tyrant”战斗，“tyrant”被打倒。临走时，发现一份“g病毒”记录。事不遗迟，吉尔等人迅速撤离研究所。“tyrant”二次来袭，吉尔用火箭筒将其打碎。4人乘坐布拉德.威克斯的飞机逃离。s.t.a.r.s部队幸存人员名单：克里斯.雷德菲尔德，吉尔.瓦伦蒂安，巴瑞.博顿，瑞贝卡.查姆博斯，布拉德.威克斯。死亡名单：爱得华.杜威，恩里克.马里尼，福特斯.斯拜尔,肯尼恩.j.苏利文,理查德.艾肯,约瑟夫.佛特斯.
1998年9月29日以优异成绩毕业的警官里昂（leon scott kennedy)来到raccoon市，迎接他的是无数的丧尸；此时克里斯的妹妹克莱尔(elza walker)，也为了寻找哥哥的下落而来到raccoon市。里昂与克莱尔在怪物蔓延的城市里相遇，并共同努力找寻逃离这座死亡之城的方法，在警察署,克莱尔从哥哥克里斯的日记中得知他为了不使自己担心，瞒着她已经只身前往欧洲调查安布雷拉。在警局二楼看见一个小女孩被丧尸追赶。两人决定分头行动，由克莱尔寻找小女孩。在一个停车厂里，里昂遇见了艾达，里昂以为艾达是一个被困普通女子，便和她一起逃离，但他发现艾达有时擅自行动，并要她一定要跟着自己走。又走了一会，里昂看见一个金发女子，金发女子一见转身就跑，里昂和艾达追了上去，不料金发女子却开抢向他们射击，里昂为救艾达受了伤。艾达只好一个人追，在一间阴森森的小屋里，金发女子趁艾达不注意，把她的枪打掉，金发女子告诉艾达，她是威廉.帕肯的妻子安耐特.帕肯，她向艾达讲述了威廉成为怪物的经过，她要救回自己的丈夫，为了不使别人妨碍，安耐特要杀艾达灭口。两人在打斗中，艾达将安耐特推下了楼梯。
克莱尔一路打死了各种的变异生物，发现在一条走廊的尽头的一个秘室，警局局长艾隆斯正躲在里面。令人意想不到的是，在艾恩斯的艺术品收藏室里克莱尔找到了那个小女孩，威廉.帕肯和妻子安耐特.帕肯的女儿——雪利尔，她的母亲告诉她来警察局比较安全。雪利尔告诉克莱尔有一种比丧尸大得多的怪物正朝这里来。她并不知道，大怪物正是自己父亲。“g”基于生物的本能，为了寻找最好的遗传体，也就是威廉柏金的亲生女儿雪利尔，因而不断袭击接近雪利尔的人。克莱尔回到局长办公室，发现已经空无一人了。克莱尔在椅子上找到了局长的日记。原来由于他与安布雷拉的交易破裂而气急败坏，他想让镇上所有的人都变成丧尸来满足他杀人的欲望。为此，他在丧尸进攻警察局之前破坏了通讯系统，分散了武器，使警员的救援行动被极大地延误。之后，他又封锁了可能逃出 raccoon市的每个出口。在9月26日，他烧死了几名幸存者，并杀死了秘书安迪。以上的种种都表明艾恩斯已经疯了！在地下垃圾厂，雪利尔听见父亲的声音，却并没有找到他。地下室里，一个怪物将一生物塞进了局长的口里！克莱尔冲了进去，想除掉那个怪物，却被局长用枪指住。但是，刚才被塞到口里的那个生物迅速成长起来，穿破了艾恩斯的胸膛。克莱尔与雪利尔爬进通向下水道的路时，那个巨大的怪物也就是威廉.帕肯从她们头顶上的走廊经过，雪利尔失足落入了下水道的二层。在那里，威廉.帕肯终于找到雪利尔。在她昏迷时给雪利尔染上了“g病毒”，于是离去。
克莱尔在寻找雪利尔途中，巧遇雪利尔的母亲安耐特，当她得知克莱尔在一直帮助雪利尔的时候，向克莱尔讲述了灾难的经过，这时，从远处传来了雪利尔的一声尖叫，两人急忙分头寻找，在隧道里，克莱尔找到昏迷的雪利尔。克莱尔一路保护着雪利尔，达到一个车厢内，雪利尔感到不舒服，克莱尔感到事情不妙。就在这时，那只人形怪物——威廉出现了，经过艰苦的打斗，怪物被成功地击倒了。
艾达和里昂早先也与威廉战斗过，艾达受伤，里昂将她安置好，一个人先打探出路。返回时艾达已经不见了。里昂继续前进，不巧又碰见了安耐特，安耐特以为里昂是安布雷拉的间谍，还告诉里昂那个叫艾达的女子以找男朋友为借口，其实她也是间谍！里昂不相信。安耐特为报仇，要杀里昂，突然屋子上方的一阵震动将几个大铁管子震了下来，安耐特被砸昏了。里昂从她身上找到了使全镇人疯狂的“g病毒”。里昂乘坐那里的高速列车准备离开这里，但这时艾达出现，并要里昂交出“g病毒”，原来她果真是间谍！里昂不肯，两人这样僵持着。最后，艾达屈服了，放下了手里的枪。就在他们准备利用地下研究所逃生列车离开raccoon地区的时候，安布雷拉空投下来的一个tyrant（暴君·改t-002型）出现在里昂面前，为了掩护里昂，艾达被tyrant杀死，翻身掉下铁桥，研究所自毁装置也因tyrant对艾达的致命一击而启动。里昂消灭了tyrant，伤心已级，拿出那支“g病毒”，将它抛向了空中。不久，“g病毒”被幸存者汗克找到，并成功收回。
过了一段时间，安耐特又在别处遇见克莱尔。她想使用研制成功的疫苗将自己的丈夫变回人类。但是，由于威廉已经失去了人性，安耐特被威廉变异的手指杀死。克莱尔从安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是决定为雪利尔配一支。在撤离途中，大怪物——威廉不依不饶，一定要干掉与靠近雪利尔的人，他从g1变到g3形态，最终还是被克莱尔轰倒。在同时，LEON找到了逃出基地的火车，在和暴君最终形态单挑时，ADA的身影出现并给他扔下一枚救命火箭筒结束了这场战斗。LEON， CLAIRE，SHERRY乘上火车，却被变异的威廉困在车上，最终火车爆炸，三人逃出了研究所。克莱尔的下一步是去找哥哥。
s.t.a.r.s成员布拉德.威克斯在城市里被追踪者所杀。
另一边，吉尔正被追踪者（tyrant - 203 型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡罗斯（carlos oliveira） ，幸存人员还有米克鲁（michael victor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。过去曾任kgb（俄国某调查局，类似美国的 fbi ）组织的领导人。列哥拉（nicholai ginovaef）35岁，u.b.c.s士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。列哥拉行踪不明。三人刚将电车开走，追踪者鬼使神差般出现在电车里，米克鲁拿出炸弹与其同归于尽。电车在钟楼外停下来，追踪者复又出现，吉尔和卡罗斯与追踪者展开殊死搏斗，怪物因受伤过度倒在火海中，而吉尔也负了重伤。卡罗斯上附近大医院取药，凑巧列哥拉也在里面。而且列哥拉的身份在此暴露，实际上他是个监视员。卡罗斯回去医好吉尔，为调查列哥拉，他先行离开。吉尔刚出门和追踪者又是一番激战，追踪者又被打倒。在安布雷拉驻当地的作战室，吉尔与列哥拉相遇，列哥拉说他只是为雇主收集生物兵器的战斗数据。1998年10月1日，美国政府为了杜绝所有的后患，将对拉昆市以核弹进行灭菌作战。卡罗斯找到吉尔告诉她军方将在明天炸毁这个城市。在废品处理厂，吉尔又一次打倒了追踪者。在控制室里，吉尔又干掉了列哥拉。在控制室的地面打开了一条逃生通道，追踪者从通风口里又拦住吉尔，而且变成了个爬行动物，吉尔利用离子炮将它完全轰碎。外边，巴瑞开着直生飞机在等着他们，吉尔和卡罗斯上了飞机，一枚导弹从身旁掠过，接着背后是拉昆城被炸后的一片火海。
进入raccoon的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五具tyrant之后匆忙撤退，并于10月初投放核弹毁灭整个raccoon地区，10万人在此役中死亡。史称raccoon地区生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至‘h.c.f’的前任s.t.a.r.s.队长威斯卡的救助下复活，威斯卡从威廉身上得到“g病毒”，艾达在暗中给予李昂和克蕾儿协助之后，与威斯卡一起逃出拉昆市。
1998年10月上旬在欧洲传来了有人见到艾达的消息，但随后目击证人去向不明。
1998年10月9日席那岛刑务所的年轻囚犯计画集体越狱。
1998年10月10日席那岛刑务所发生囚犯企图夺枪集体越狱事件，席那岛司令官宾赛德下令将逃犯全数射杀。
1998年10月11日宾赛德命令席那岛刑务所所长，将囚犯全数射杀事件以‘集体自杀’的方式，向umbrella高层呈报。
1998年10月中旬美国中央情报局cia和里昂取得连系，以雪利尔与里昂的性命作要胁，迫使李昂接受了情报局所交付的秘密任务。目前李昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。
1998年11月初接受好友李昂的委托，亚克潜入安布雷拉席那岛刑务所进行调查。
1998年11月22日宾赛德将“t病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
1998年11月23日席那岛全岛已经笼罩在“t病毒”所引起的生化灾害之下。
1998年11月24日亚克企图从席那岛逃离时，搭乘的直升机被安布雷拉职员击落，因为强烈冲击而丧失记忆。在寻找恢复记忆的线索与逃生方法时，遇到席那岛上的生化灾害幸存者--年仅十二岁的少年洛特·克莱(lott·klein)与洛特的妹妹--莉莉·克莱(lily klein)1998年11月25日宾赛德唤醒‘超级暴君’企图将亚克灭口，却反被‘超级暴君’所杀。亚克成功地将‘超级暴君’打倒，带著洛特与莉莉从席那岛逃出，席那岛上的研究设施也因为宾赛德启动自爆装置而全数毁灭。
事件后里昂加入反安布雷拉地下组织，不久便前往欧洲进行独立调查，吉尔和克莱尔也各自前往欧洲寻找克里斯。雪利尔原为政府有关机构收养，现下落不明。
1998年12月12日为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的rockfort（洛克福特岛）军事训练所监禁
1998年12月22日克莱尔被移送rockfort岛刑务所。
1998年12月27日，谜之组织h.c.f得知阿莱西亚与“t-veronica”病毒出现在rockfort岛，派遣威斯克率领特殊部队轰炸该岛，以夺取“t-veronica”。轰炸过程中病毒泄漏造成rockfort生化危机事件"。
克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人史帝夫（steve）相遇。史帝夫是个不太相信，更不愿与人合作人，即使救了他，他也显得很冷淡，仍然一个人行动。在大厅里，亚力山大.亚西福特之子阿尔弗雷得.亚西福特扮成妹妹阿莱西亚.亚西福特的模样开枪射击克莱尔，阿尔弗雷得误以为克莱尔是袭击他的基地的人。在另一个地方，史帝夫突然出现投桃报李，救了克莱尔一回，还和克莱尔开着玩笑，现出他可爱的一面。史帝夫更为救克莱尔忍痛杀死了因感染病毒而变成丧尸的父亲。克莱尔由此得知，史帝夫之父原为安布雷拉成员，因泄露公司机密而举家被捕，母亲也被杀死。在大堂里，克莱尔听见阿莱西亚和哥哥在谈话，其实这是典型的阿尔弗雷得人格分裂，一个人假扮两个人。阿尔弗雷得的寝室里，阿尔弗雷得又扮成妹妹阿莱西亚的模样向克莱尔开枪，这时又是史帝夫突然出现解了围。而且还查出这是阿尔弗雷得的双重人格在做怪。阿尔弗雷得气急败坏，启动自暴装置，要炸掉基地。同时，他放出汉克早先运送过来的“tyrant”，去杀死克莱尔和史帝夫。克莱尔和史帝夫乘坐水上飞机离开rockfort岛，却被随后驾驶鹞式战斗机离岛的阿尔弗雷得遥控操纵水上飞机飞向南极。此时tyrant出现在飞机货舱内。克莱尔将tyrant打下飞机，却因为无法改变航向而与史帝夫双双来到南极。这里正是亚力山大.亚西福特1970年建造的南极研究所。随后，史帝夫打伤了阿尔弗雷得，阿尔弗雷得离死也不远了。克莱尔和史帝夫试图坐雪车逃走，却看见一个紫色的背后长着触手的可怕的怪物，这个怪物就是阿尔弗雷和阿莱西亚的父亲亚历山大。阿尔弗雷得换醒了在容器里沉睡的妹妹阿莱西亚，随后也死去了。克莱尔和史帝夫消灭了那个亚历山大后，在坐货车时，被一只大触手掀翻，失去知觉。
在收到了里昂的通知后，克里斯则为了救出克莱尔，也前往洛克福特岛。威斯克正在寻找阿莱西亚与“t-veronica”，正碰见克里斯，克里斯惊异于威斯克的复生，也发现他有了超越人的力量和速度。威斯克正要报仇，在监视器里看到阿莱西亚的讲话，丢下克里斯便去找她了。克里斯也跟着来到南极，救了克莱尔。克莱尔得救后去寻找史帝夫，却想不到史帝夫被注射了病毒，他变成了怪物，疯狂的攻击克莱尔，在关键时刻，凭着对克莱尔的爱，使自己恢复了理智，变回原形，死在克莱尔的怀里。
威斯克找到阿莱西亚，要她交出她体内的“t病毒”，阿莱西亚冷笑着，变成个美貌与力量并存的人，只一手，就能把威斯克打败。威斯克见无取胜的机会，逃跑了，阿莱西亚接着要取克里斯的性命，但没能成功。克里斯和克莱尔逃到出口处，正要离开，阿莱西亚又拦住去路，这回变成个丑陋的飞行怪物，克里斯用线性炮将她消灭。克里斯引爆了南极研究所，兄妹俩驾机离开，威斯克则带走了感染“t-veronica”病毒的史帝夫的遗体。以h.c.f的实力，让死人复活应该不是问题。
安布雷拉在世界各地的分支机构。目前可以确认的有，raccoon市分部（已毁），法国巴黎分部，欧洲席那岛分部，南美洲洛克福特岛“rockfort”分部。
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