赣深高速铁路全线共设14座车站，其中江西段4座、广东段10座：赣州西站、信丰西站、龙南东站、定南南站、和平北站、龙川西站、河源北站、河源东站、博罗北站、惠州北站、仲恺站、东莞南站、光明城站、深圳北站。
赣深高铁不会连到南昌，终点站是赣州西站，但是深圳也可以到南昌，因为在赣深高铁开通之前，南昌就有了昌赣高铁，所以南昌至赣州、赣州至深圳，等同于南昌至深圳，只是南昌要去深圳，就需要在赣州站换乘。
这条高铁主要是为了拉动沿线城市的经济发展，南昌本身是交通发达城市，所以无需再通行一条赣州至南昌的高铁线路(已经有昌赣高铁)，赣深高铁连接了广东、江西的众多城市，有利于拉动广东、江西的经济发展。线路途经江西省赣州市、广东省河源市、惠州市、东莞市、深圳市。